В годы Гражданской войны из-за голода в Москве Владимир Амбарцумович с семьей и близкими друзьями переехал в Самару и устроился на работу в музей. Владимир Амбарцумович организовал в Самаре около десяти христианских кружков, в каждый из которых входило от десяти до пятнадцати человек. Собрания кружков вначале устраивались на частных квартирах, а затем был приобретен дом-пятистенок, в одной половине которого поселилась семья Владимира Амбарцумовича, а в другой проводились занятия и собрания кружков. За активную деятельность по организации молодежного христианского движения Владимир Амбарцумович впервые был арестован в 1920 году и привезен в Москву. Через пять недель он был освобожден из заключения с подпиской о невыезде из столицы.
Валентина Георгиевна с сыном Евгением возвратилась из Самары в Москву. Владимир, восстановив связь с московским студенчеством, организовал новый христианский кружок. В Кречетниковском переулке был найден брошенный дом и силами студентов приведен в порядок. В этом доме поселились семья Владимира Амбарцумовича и наиболее активные члены кружка, здесь проводились занятия с молодежью по изучению Евангелия.
В начале 1920-х годов христианское студенческое движение получило развитие во многих городах России. Объединяющим центром движения стал Центральный комитет христианских студенческих кружков, председателем которого был избран Владимир Амбарцумов. Центральный комитет вел организационную работу, устраивал съезды представителей кружков.
24 мая 1923 года у Владимира Амбарцумова умерла от пищевого отравления жена, оставив ему пятилетнего сына Евгения и годовалую дочь Лидию. Прощаясь с мужем, она сказала: «Я умираю, но ты не очень скорби обо мне. Я только прошу тебя: будь для детей не только отцом, но и матерью… Времена будут трудные. Много скорби будет. Гонения будут. Но Бог даст сил вам, и всё выдержите…»
Заботу о детях взяла на себя Мария Алексеевна Жучкова (будучи православной, она при крещении Евгения и Лидии в 1925 году стала их крестной матерью). После смерти жены Владимир Амбарцумович целиком посвятил себя работе в кружке и жил в основном на его средства (время от времени он находил работу, не требовавшую от него большой отдачи: в 1922–1923 годах он состоял на службе в Московском рентгеновском институте, а в 1923–1924 годах – в Союзе коммунальщиков).