Главного врача арестовали вместе с его ближайшим учеником хирургом Р. А. Ротенбергом. Арестовал патруль из двух рабочих и двух матросов. Патрульных в хирургическое отделение привел служитель морга Андрей – пьяница, лодырь и вор, которого Войно-Ясенецкий при всем своем долготерпении давно уже обещал выгнать с работы. Весть о том, что Валентина Феликсовича увели в железнодорожные мастерские, вызвала в больнице глубокое уныние. Мастерские имели страшную репутацию. Сама фраза «увести в железнодорожные мастерские» означала в те дни не что иное, как «расстрелять». Случилось все это рано утром, и до глубокой ночи никто о судьбе арестованных ничего не знал. Подробности сообщил вернувшийся в сопровождении двух вооруженных рабочих Ротенберг. В мастерских их посадили в каком-то довольно просторном помещении, где было много других арестованных. Одна дверь вела в комнату, где заседала «Чрезвычайная тройка». Дело решалось быстро. Обратно из судилища возвращались немногие. Большинство осужденных (на разбор каждой судьбы «судьи» тратили не больше трех минут) уводили через другую дверь – приговор приводили в исполнение немедленно.
Два врача просидели перед роковой дверью больше полусуток. Все это время Войно-Ясенецкий оставался совершенно невозмутимым. На частые тревожные вопросы Ротенберга: «Почему нас не вызывают? Что это может означать?» Валентин Феликсович отвечал: «Вызовут, когда придет время, сидите спокойно». Поздно вечером через «зал смерти» проходил видный партиец, знавший главного врача в лицо. Он удивился, увидев тут знаменитого хирурга, расспросил, что произошло, и скрылся в комнате суда. Через десять минут врачам были вручены обратные пропуска в больницу. Партийный «спаситель», однако, не отпустил их одних. Обстановка в городе была слишком накалена: медиков мог пристрелить любой встречный патруль, даже несмотря на печать «тройки».
Весть, что арестованные вернулись, быстро облетела больницу. В дежурную комнату стали сбегаться врачи и сестры, каждый хотел собственными глазами убедиться – доктор жив. Войно-Ясенецкий предупредил, однако, что он просит не только не допускать никаких оваций, но и вообще никаких эмоциональных всплесков. К обычному утреннему часу назначенный на операцию больной был подготовлен, обработан и доставлен в операционную. Все были на местах. Минута в минуту хирург встал к операционному столу и принялся действовать скальпелем так, как будто ничего не случилось.