Церкви тем не менее едины в общем стремлении заботиться о христианских душах и способствовать обращению тех, кто не знает, что такое вера в Иисуса Христа. В Византии много людей жило в деревнях, где о нуждах паствы заботились женатые священники. Они крестили и женили детей, хоронили умерших, следили за моральным обликом жителей. В крупных городах эту роль выполняли епископ и его штат. Епископ подчинялся митрополиту или архиепископу, который жил в столице архиепархии. Такая структура зафиксирована в иерархии церковных епархий, которая идет от константинопольского патриарха через несколько рангов митрополитов до епископа. В поздний византийский период многие епархии в европейских провинциях приобрели важность и переместились вверх по списку, приобретя более высокий ранг, за счет тех, что находились в Малой Азии, разоренные и обнищавшие из-за постоянных войн.
Гора Афон оставалась маяком для аскетического монастицизма, а местные монахи и святые люди постоянно побуждали мужчин и женщин посвятить свою жизнь Богу, направляя их духовную жизнь. Когда юный Лука Стирит в начале X в. ушел из дома, он узнал о столпнике в местечке Земена на Пелопоннесе и попросил разрешения служить ему. Несколько лет он изучал аскетические практики вместе со столпником, после чего поселился отшельником на горе Иоанница. Со временем его ученики и последователи основали на этом месте монастырь, и местный губернатор – генерал Кринит – финансировал постройку первой церкви, посвященной св. Варваре, покровительнице военных. Позже община воздвигла на его могиле церковь Св. Луки, соединив ее с церковью Теотокос (Богородицы), таким образом создав в Стирии двойную конструкцию. Слава о чудесах, происходивших на могиле Луки, распространилась очень широко. Ее следствием стали многочисленные дары и денежные пожертвования, позволившие украсить его церковь изысканными мозаиками и фресками, которые сохранились до наших дней. Получая такие дары, монастыри часто становились очень богатыми и могущественными организациями. При этом важно помнить, что их ресурсы основывались не только на императорском покровительстве, но также на искренней вере многочисленных крестьянских семейств, чья преданность ортодоксии была типичной для Византии.
Конечно, не все были согласны с господством христианства в обществе. Ему бросали вызов такие интеллектуалы (или еретики, как посмотреть), как философ Иоанн Итал и харизматичный болгарский лидер Василий Богомил – в начале XII в., или Георгий Гемист Плифон (тоже философ, приверженец языческой религии) в XV в. Но в целом ересь была менее распространена, чем на средневековом Западе. Теологические споры часто вскрывали характерное смешение элементов в византийской культуре. Итал и Плифон представляли философские традиции и культы Древней Греции; Василий – вариации в рамках средневековых религиозных ритуалов. Пусть Византия была хранилищем всех христианских традиций, написанных на греческом языке, но она также сохранила поэмы и рассказы о древних божествах, их храмах и статуях.