При епископе Ионафане из Каргополя в Петрозаводск перевели духовное училище, созданное по распоряжению архиепископа Аркадия в 1858 г. при Каргопольском женском монастыре для девочек из семей беднейшего духовенства и сирот. Переместившись в 1874 г. в губернский Петрозаводск, училище повысило свой статус, улучшилось его материальное обеспечение. В училище стали отдавать девочек из более обеспеченных семей епархиального духовенства, не забывали и сирот. Позднее женское епархиальное разместилось в каменном двухэтажном здании у моста, в котором епископ Ионафан освятил устроенную для воспитанниц церковь в честь и славу Покрова Пресвятой Богородицы. Ныне здесь, к стыду наших современниц, кроме женской больницы находится и городской абортарий.
В бытность Владыки Ионафана на улице Гоголевской напротив нового здания семинарии был построен новый двухэтажный Архиерейский дом с домовой церковью, в здании которого в годы советской власти был расположен Дом офицеров. В старом же Архиерейском доме разместилась Духовная консистория. В летней резиденции Олонецких епископов на Древлянке был обустроен домовой храм в честь и славу Преображения Господня. Дом с церковью в народе стали называть Архиерейской дачей, и жители окрестных домов приходили в храм помолиться вместе со своим Владыкой. Буквально в последние дни своего пребывания на Олонецкой кафедре, в начале 1877 года, Владыка Ионафан благословил строительство еще одной церкви в Петрозаводске – на Неглинском кладбище, которую горожане решили устроить в честь 100-летнего юбилея присвоения заводской слободе императрицей Екатериной Великой статуса города.
За свои неустанные труды епископ Ионафан был награжден орденами Святой Анны первой и второй степеней, Святого Владимира второй и третьей степеней, бриллиантовым крестом на клобук (15.05.1894 г.).
28 февраля 1877 г. епископа Ионафана перевели на древнюю Ярославскую и Ростовскую кафедру, там же через 10 лет он был возведен в сан Архиепископа (15.05.1883 г.).
Устроитель Ярославского епархиального женского училища (1881) и учредитель Ярославского православного братства Святого Димитрия Ростовского (1883). Пожизненный член Костромского православного Федоровско-Сергиевского братства (1887). Почетный член Московской (1893) и Казанской (1895) духовных академий. Духовный писатель. Корреспондент «Странника», «Церковных ведомостей», «Церковно-общественного вестника», «Ярославских епархиальных ведомостей» и др. где и похоронен в усыпальнице Спасо-Преображенского собора.