По утверждению В.Н.Воейкова, вскоре после манифеста 17-го октября 1905 года Джунковский в Москве «оказался среди бунтарей, направлявшихся к тюрьме для освобождения политических заключенных, но воздержался от донесения начальству о своей „прогулке“, которая не послужила для него препятствием в дальнейшей успешной карьере».
Нина Берберова утверждала, что Джунковский – масон, однако более или менее точно известно, что он являлся кавалером высшего масонского ордена «Рыцарский военный крест» (последним из россиян, получивших эту награду 5 июля 2010 года был Шойгу С. К., который стал официальным масонским рыцарем Суверенного военного ордена Мальты и был награжден «Рыцарским военным крестом»).
А. П. Мартынов писал о Джунковском: «Связи у него в „сферах“ были громадные, и он легко и бестрепетно всходил все на высшие ступени административной лестницы…»
Будучи командующим Отдельного корпуса жандармов, запретил вербовать агентов среди учащихся школ и средних учебных заведений, а также уволил большое количество запятнавших себя жандармских офицеров, чем нажил себе много врагов.
Непримиримый противник Григория Распутина (на этом он и сошелся с Иларией). 19 августа 1915 года он попытался в присутствии Распутина разоблачить того перед Николаем II, но опоздал. «Сибирский мужик» сыграл на опережение, и Джунковский был уволен и отправлен на фронт командовать Сибирской стрелковой дивизией.
В ноябре 1917 года Джунковский был арестован и посажен в Петропавловскую крепость.
Сотрудничал с ЧК-ГПУ, активный участник различный чекистских операций.
Очень рекомендую посмотреть (если кто не видел) вышедший в 1967 году многосерийный исторический телефильм «Операция «Трест» режиссера Сергея Колосова. Фильм рассказывает об успешной операции, проведенной в 1921—1925 годах ОГПУ Советской России, по выманиванию легендарного английского разведчика, Сиднея Рейли, и революционера-террориста, военного министра Временного правительства, Бориса Савинкова, в Минск для встречи с членами «московской антисоветской организации». Руководителем этой «организации» был некто Якушев, прототип Джунковского. Играли замечательные советские артисты: Игорь Горбачев, Людмила Касаткина, Донатас Банионис, Армен Джигарханян. Фильм заканчивается арестом Рейли. На самом же деле, Рейли был расстрелян, а Савинков выбросился в лестничный пролет здания на Лубянке и погиб. С тех пор пролеты в этом здании затянуты сеткой. Но есть и другая версия. Писатель Александр Солженицын в своей книге «Архипелаг ГУЛАГ» пишет об убийстве Савинкова сотрудниками ВЧК.