Не само казачество, конечно, додумалось до подобной реорганизации вековых своих порядков, но его привели к тому исторический ход событий, обстоятельства внешние, которые должны были сузить приволье казачьей жизни. Под влиянием этих обстоятельств казачество работало несомненно в духе своих старинных идеалов и сумело разбить бессемейную Запорожскую Сечь на сорок мелких черноморских сечей, в основу которых, по словам грамоты Екатерины Великой, должно было лечь «распространение семейственного жития»; но если при этом оно изменило и ограничило свою внутреннюю организацию, то это зависело не от превращения бессемейного казачества в семейное, а обусловливалось обстоятельствами чисто внешними – требованиями и интересами центрального правительства.
Но упомянутое сечевое устройство Черноморского казачества существовало без изменений только до 1801 года, когда войску была дана новая грамота императором Павлом, значительно изменившая прежнее казачье устройство и изгнавшая из употребления даже некоторые названия лиц и учреждений, заимствованных черноморцами из Запорожской Сечи. Напрасно раньше, в 1797 году, кошевой атаман Т. Т. Котляревский хлопотал о том, чтобы дозволено было войсковое правительство «именовать по-прежнему Кошем войска верных черноморских казаков» и заботился о пожаловании войску «бунчука и трости войсковой, поелику сии привилегии были в войске Запорожском жалованными». Атаман, видимо, желал удержать хотя бы одни внешние черты старого сечевого устройства, чтобы по крайней мере они напоминали молодому казачеству о былой автономии его дедов и отцов. Но центральное правительство в свою очередь неизменно шло по раз намеченному пути. В силу упомянутой грамоты, вместо «войскового правительства» была учреждена «войсковая канцелярия», в которой должны были присутствовать от войска атаман и два члена, а от правительства «особа», по назначению от него; при канцелярии же должен был состоять правительственный прокурор. В деловом отношении, согласно с образцами тогдашнего бюрократизма, канцелярия была разделена на шесть «экспедиций» – криминальную, гражданскую, казенную, межевую, полицейскую и сыскную. В следующем за тем году указом императора Павла от 13 ноября, войско было разделено в военном отношении на 20 полков.
В царствование Александра I указом от 25 февраля 1802 года вновь положено было учредить «войсковое правительство с таким же числом присутствующих, как и в Донском войске», а в войсковой канцелярии Донского войска, в силу того же указа, повелено было присутствовать войсковому атаману, двум непременным членам и четырем асессорам, причем учрежденные при Павле экспедиции, за исключением полицейской, положено было совсем уничтожить. По воинским делам Черноморию приказано было подчинить инспектору крымской инспекции, а по части гражданской – таврическому губернскому начальству и «особенно управляющему губернией». Затем участие в войсковом правительстве «особого генерала» также решено было отменить, оставив лишь прокурора. Таким образом, благодаря этому узаконению, был сделан как бы шаг назад к прежнему казачьему устройству. Но вместе с тем деление войска на 20 полков в военном отношении осталось в своей силе.