Одним из самых громких процессов того времени был процесс правых эсеров, который проходил в Москве с 8 июня по 7 августа 1922 года.
Тогда Крыленко произнес в Верховном трибунале большую многочасовую речь, в которой с присущей ему революционной страстностью доказывал вину подсудимых – их было 34 человека. В самом начале своей речи он сказал: «Дело суда истории определить, исследовать, взвесить и оценить роль индивидуальных лиц в общем потоке развития исторических событий и исторической действительности. Наше же дело, дело суда, решить: что вчера, сегодня, сейчас сделали конкретно эти люди, какой конкретно вред или какую пользу они принесли или хотели принести республике, что они еще могут сделать, и в зависимости от этого решить, какие меры суд обязан принять по отношению к ним. Это наша обязанность, а там – пусть суд истории судит нас с ними».
История рассудила – сегодня никто не верит, что на этом процессе судили за конкретные дела, а не по политическим соображениям.
Крыленко много работал, с его именем неразрывно связана вся история становления органов советской прокуратуры. В сентябре 1928 года, оставаясь заместителем наркома, он был назначен прокурором республики.
В мае 1928 года в Москве под председательством Вышинского начался грандиозный политический процесс над группой «вредителей» в угольной промышленности, известный как «Шахтинское дело». Специальному присутствию Верховного суда СССР были преданы 53 специалиста старой буржуазной школы. По версии следствия, «вредители», инженеры и техники Шахтинского района Донбасса, были тесно связаны с бывшими собственниками предприятий, русскими и иностранными, и ставили своей целью «сорвать рост социалистической промышленности и облегчить восстановление капитализма в СССР». Поддерживал обвинение по этому делу Крыленко. Тогда они с Вышинским были вместе. Но уже 5 мая 1931 года Крыленко был назначен народным комиссаром юстиции РСФСР. Свое прокурорское место он уступил Вышинскому, новой восходящей юридической «звезде», который всего через несколько лет растопчет и предаст анафеме имя Крыленко, а его самого уничтожит.
На посту наркома юстиции Крыленко уже не выступал на громких уголовных и политических процессах, этим с упоением занимался Вышинский. Но он оставался верным проводником идей партии и правительства, по-прежнему громил «классовых врагов», по-прежнему был беспощаден к ним.