В основу обучения в средневековых университетах была положена система семи «свободных» искусств. На начальном этапе изучались грамматика, риторика и диалектика, так называемый «тривиум», впоследствии – арифметика, геометрия, астрономия и музыка (квадриум), а затем студент специализировался в гражданском или каноническом праве, философии, медицине или теологии.
Основными формами занятий были лекции и диспуты. Обычно в университетах читались профессорами лекции по какому-либо тексту. Постепенно преподаватели стали включать в свои лекции не только комментарии к тем или иным текстам, но и вопросы, ответы на которые можно было найти путем логических умозаключений. С течением времени вопросы в значительной степени вытеснили комментарии.
Чаще всего формой организации занятий были диспуты. В ходе так называемых ординарных диспутов одни студенты по заданию преподавателя готовили аргументацию «за», другие – «против». После обсуждения преподаватель подводил итоги, т. е. давал канонический ответ на обсуждаемый вопрос. Студент, который мог самостоятельно, а главное аргументированно ответить на тот или иной вопрос, после 4–5 лет обучения получал степень бакалавра. Многие студенты после этого завершали свое обучение, те, кто стремился к степени магистра и последующему преподаванию, продолжали обучение 2–3 года.
С начала деятельности университетов христианская церковь стремилась удержать их под своим влиянием. Несмотря на это, по своей организации, программе и методам обучения уже первые университеты были альтернативой церковному образования, христианскому догматизму. Они противопоставили схоластике деятельную интеллектуальную и духовную жизнь, формирование всесторонне развитой личности, а главное – опору на научное мировоззрение.
Идея университета раскрывается в самом названии Universitas, что в переводе с латинского означает совокупность, т. е. сообщество обучающих и обучающихся, его всеобщность и открытость. Основная миссия университета состояла в приобщении молодого человека к совокупности имевшихся в то или иное время видов знаний. Однако его задача заключалась не только в сохранении и передаче существующих знаний, но и в развитии науки, исследовательской деятельности. Именно в университетах рождалось новое знание, создавались научные теории и формировались мировоззренческие ориентиры жизнедеятельности человека будущего. Создание университетов, приверженность разуму и рациональной аргументации, а также тот исследовательский дух, который был присущ их интеллектуальной жизни, заложили основу будущего европейского высшего образования.