При Синоде прослужил он с 1858 года до 1862; посылался в разные командировки и, между прочим, в 1860 году ездил по поручению Синода на Восток вместе с г. Соломоном[6] (теперь сенатором, а тогда служившим в Синоде) для собрания точных сведений о халкинских и афонских богословских курсах и о состоянии православных церквей и монастырей на Востоке. Некоторые из заметок и впечатлений его вынесенные из этой поездки в Турцию и Грецию, были напечатаны в духовном журнале «Душеполезное Чтение».
Довольно любопытно просмотреть оставшуюся после отца Климента тетрадь, в которой он на скорую руку записывал свои путевые впечатления во время этой поездки. особенно интересна та часть (очень значительная), которая осталась в рукописи. В ней-то ясно видишь, в какой мере православные чувства и православное миросозерцание были и тогда уже основой его внутренней жизни. Этот московский студент 50-х годов, сын ученого реформаторского пастора, этот магистр древнеэллинской словесности филолог и автор диссертаций о Катоне Старшем, этот молодой петербургский бюрократ ничего почти не видит и не слышит на Востоке кроме православия, монашества, афонских старцев, кроме церковной истории и церковных древностей. На быть (особливо на быт мусульманский, столь своеобразный и до сих пор всем иностранцам столь мало доступный и мало понятный) он не обращает почти никакого внимания и если замечает что-нибудь мимоходом, то не иначе как с отвращением; на древности в Афинах едва смотрит, хотя, конечно, понимать их может лучше многих по роду университетской подготовки своей и по врожденному вкусу. Споры православного новогреческого консерватора Икономоса с афинскими либералами занимали его гораздо больше всяких древностей. Святая Афонская гора с ее современными чудесами подвижничества была для него гораздо интереснее всех красот невозродимого к действительной жизни Акрополя. Афонской горе у него посвящено в тетради семьдесят и более страниц; Афинам – с чем-то двадцать… В нашем посольстве в Константинополе он слышал разговоры, что Россия бессильна, ибо у нее нет денег, а «как не будет денег», другие державы станут только смеяться над нашими угрозами». Зедергольм записал в свою путевую книжку, что не безденежье, а безверие губит Россию, но не высказал дипломату своих возражений.