Изменениям подвергся и Святейший Синод, членами которого были высшие духовные иерархи – митрополиты и архиереи, но во главе Синода стоял гражданский чиновник в звании обер-прокурора. При Александре I представители высшего духовенства уже не собирались, а вызывались на заседания Синода по выбору обер-прокурора, права которого были значительно расширены. С 1803 по 1824 год должность обер-прокурора исполнял ближайшее доверенное лицо императора – князь Александр Николаевич Голицын, который с 1816 года занимал также должность министра народного просвещения.
Александр I легкомысленно относился к религии. Вплоть до 1812 года он без особого рвения и равнодушно соблюдал обряды православной церкви, но в то же время поощрял деятельность масонских лож. Одним словом, Александр, являясь безразличным скептиком и франкмасоном, без особого воодушевления играл роль светского главы православной церкви. Однако вторжение Наполеона в Россию повергло его в глубокое смятение. Он почувствовал себя одиноким и бессильным, стал искать опору, покровителя, руководителя – и вот тогда упал на колени и от всего сердца воззвал к Господу. С этого момента Александр стал считать себя «избранником Всевышнего, призванным спасти Европу от наполеоновского ига». Он ежедневно читал Библию (на французском языке), и за спасение России он, прежде всего, благодарил Бога, а уже потом своих генералов. В 1816 году во время посещения Киево-Печёрской лавры он заявил: «Всё, что я имею, и вся моя слава не мне принадлежит, а имени Божию, научившему меня познавать истинное величие!»9
Реформа в области образования. В 1803 году было издано новое положение об устройстве учебных заведений, внёсшее новые принципы в систему образования: бессословность учебных заведений, бесплатность обучения на низших его ступенях, преемственность учебных программ. Были установлены уровни системы образования: в крупнейших городах – университет, в каждом губернском городе – гимназия, в уездах – училища, в церковных приходах – одноклассные училища. Всей системой образования ведало Главное управление училищ. В рамках реформы территория империи была разделена на шесть учебных округов, возглавляемых попечителями. Над попечителями были учёные советы при университетах. Были основаны новые университеты – Дерптский в 1802 году, Виленский в 1803 году, Харьковский и Казанский, причём оба – в 1804 году. Открытый в том же 1804 году Петербургский Педагогический институт был преобразован в 1819 году в университет. В Ярославле на частные средства открылось в 1803 году Демидовское высших наук училище. Первый в России Университетский устав 1804 года предоставлял университетам значительную автономию: выборность ректора и профессуры, собственный суд, невмешательство высшей администрации в дела университетов, право университетов назначать учителей в гимназии и училища своего учебного округа.