11 сентября 1802 года князь Цицианов был назначен на должность инспектора Кавказской укреплённой линии, астраханским генерал-губернатором и главнокомандующим в только что присоединенной Грузии. Для того чтобы предотвратить народные волнения в Грузии, император Александр I приказал генералу Лазареву вывезти всех представителей династии Багратиони за пределы Грузии. Бывшая царица Картли-Кахетии Мариам (Мария) Цицишвили решилась на побег. Она планировала бежать на территорию Хевсурети, где местные жители с неприятием относились к русским. Узнав о том, что царица хочет скрыться, князь Цицианов, по иронии судьбы являющийся её дальним родственником, приказал генералу Лазареву немедленно взять Мариам под стражу и вывезти в Петербург для дальнейшего проживания. 18 апреля 1803 года солдаты во главе с Лазаревым окружили Тбилисский дворец, где жила Мариам. Войдя в царские покои, где сидела бывшая царица в окружении спящих детей, генерал объявил о том, что ей предстоит отправиться в Санкт-Петербург, и потребовал немедленно разбудить детей и вывести их во двор. В ответ на отказ Мариам Лазарев взял её за ноги и попытался стянуть с тахты, на которой женщина сидела. Возмущённая такой дерзостью и бесцеремонным отношением к ней, Мариам вскочила с тахты, схватила из-под подушки кинжал и нанесла колющий удар Лазареву в грудь. Генерал скончался мгновенно. Она тут же была схвачена. В конечном итоге Мариам с детьми в принудительном порядке вывезли в Россию и разместили в келии Белгородского Рождественского женского монастыря.
В 1803 году в состав Российской империи вошла Мегрелия.
3 (15) января 1804 года русские войска под командованием Цицианова штурмом взяли крепость Гянджу, подчинив тем самым Гянджинское ханство. За это Цицианов был произведён в генералы от инфантерии (пехоты).
20 апреля 1804 года Цицианов ввёл войска в Имеретию и 25 апреля заставил местного царя Соломона II подписать Элазнаурский трактат о российском протекторате над Имеретией.
После этих событий, в июне 1804 года, началась затяжная русско-персидская19 война, которая длилась до 1813 года. Основными причинами войны стало нежелание Персии мириться с присоединением Восточной Грузии к России, быстрым расширением русской сферы влияния на Южном Кавказе, а также события в Восточной Армении. Правитель Эриванского ханства Мухаммед-хан обратился к правителю Персии Фетх Али-шаху (Баба-хану) с вассальной просьбой поддержать его в претензиях на полное господство в армянских землях. Тегеран такое согласие дал. А 10 июня 1804 года персидский шах, вступивший в союз с Великобританией, объявил войну России. При этом персидский шах бросил откровенный вызов Российской империи. Он торжественно «пожаловал» Грузию, принадлежавшую России, беглому грузинскому «царевичу» Александру Багратиони