Гибель командующего Цицианова и неудачная осада Баку осложнили ситуацию в Закавказье. Грузия оказалась в ситуации безначалия и неопределённости. Войска остались без опытного полководца. Авторитет России в среде кавказских правителей был сильно подорван. Так, началось восстание в Ширванском и Шекинском ханствах. Активизировались горские племена. Персы спешно готовили новое вторжение. Требовалась твёрдая рука, которая восстановит порядок в русских владениях и успешно продолжит войну на Кавказе. К счастью, такой человек быстро нашелся. Ещё до прибытия нового главнокомандующего, русские войска возглавил командующий Кавказской линией, генерал Григорий Иванович Глазенап, который решил ударить по Дербенту и Баку, чтобы восстановить положение в Закавказье и показать кавказским владыкам, что предательство России не пройдёт безнаказанным.
В июне 1806 года русские войска заняли Дербент. Жители города, не желая воевать за хана, подняли восстание. Хан сбежал из крепости. Генерал Глазенап принял ключи от Дербента, а горожане были приведены к присяге русскому императору. После этого по приказанию Ивана Васильевича Гудовича, назначенному вместо Цицианова, на Баку двинулся отряд генерала Булгакова. Он должен был наказать бакинцев за убийство Цицианова. Подойдя к Баку, Булгаков предложил жителям сложить оружие, положившись на милосердие государя Александра I. В случае сопротивления генерал пообещал уничтожить город. Бакинцы поднесли Булгакову ключи от города. Гусейнгулу-хан, опасаясь мести, позорно бежал со своей семьей в Кубу, а затем в Персию.
Карта «Русско-персидская война»
3 октября 1806 года русские войска вошли в Баку. Участники убийства Цицианова были сосланы в Сибирь. Бакинское ханство было ликвидировано.
После этого русские войска двинулись на покорение Кубинского ханства. Правитель ханства Шейх-Али-хан бежал в горы. Жители Кубинского ханства также покорились и приняли присягу на верность России в ноябре 1806 года. Таким образом, благодаря решительным действиям Глазенапа и Булгакова в состав Российской империи были включены Дербентское, Бакинское и Кубинское ханства. В этом же году русские войска успешно отразили новое вторжение армии персидского принца Аббас-Мирзы. Персов вытеснили из Карабаха. Персидская армия снова отошла за реку Аракс. Одновременно русские войска отразили попытку вторжения со стороны Эриванского ханства.