Мнения историков в XIX–XX веках разделились. По существу, ученые придерживались тех же самых трех версий, выдвинутых современниками Лжедмитрия (случайное самоубийство, убийство, чудесное спасение).
Решить эту загадку трудно, но можно, если принять во внимание все материалы: летописные, следственного дела, актовые и делопроизводственные, записки и письма иностранцев, проживавших тогда в России.
Вот некоторые новые аргументы против Бориса.
В «Новом летописце» говорится о том, что Годунов хотел сначала поручить убийство Никифору Чепчюгову и Владимиру Загряжскому. Те отказались и претерпели за это от всемогущего правителя притеснения – «многие беды и злые напасти содеяху им». Историк М. П. Погодин усомнился в реальности упомянутых лиц. С ним вступил в спор А. С. Пушкин, придерживавшийся версии летописца.
Реальность существования Н. Чепчюгова и В. Загряжского с тех пор подтверждена многочисленными документами. А совсем недавно исследователь А. Л. Станиславский установил, что Чепчюговы и Загряжские в конце 80-х годов XVI века были действительно «понижены родом» и выведены из ближайшего государева окружения. Значит, наказание со стороны Годунова вправду последовало. Выходит, было и «преступление» – отказ от участия в убийстве! Советские историки М. Н. Тихомиров, И. А. Голубцов, О. А. Яковлева и другие привлекли дополнительные факты о том, что следствие по делу об убийстве велось пристрастно и что Борис Годунов был заинтересован в устранении царевича и его беспокойной родни Нагих.
О. А. Яковлева установила, что важный свидетель угличских событий Первой Болин, дворовый царевича, даже не упомянут в следственном деле, хотя он сидел в Угличе в тюрьме в течение года, а затем был сослан в Пермь и насильственно пострижен. М. Н. Тихомиров обратил внимание на щедрое награждение Борисом Годуновым всех, кто расследовал этот «несчастный случай». Член угличской следственной комиссии окольничий Андрей Клешнин, правая рука Годунова, получил, например, в подарок от него целый небольшой город Печерники.
Все же часть историков по-прежнему считает, что Борис не виновен в гибели Дмитрия. И отпавшим окончательно можно считать только один вариант – спасение Дмитрия.