Рядом с двором Никиты Романовича располагались дворы других бояр. Все они строились по типовому плану. В правом нижнем углу находился большой каменный дом – так называемые «палаты на верхних погребах». Палаты Никиты Романовича двумя этажами выходили на улицу Варварку. Небольшая их часть сохранилась до наших дней. В глубине двора, недалеко от западной стены, обращенной к Кремлю, стоит еще одно здание, которое называлось палатами «на нижних погребах». Как указано в документах, были здания и более древние. В центре усадьбы видно отдельно стоящее высокое сооружение типа башни. Возможно, это повалуша – общая летняя, холодная спальня, куда могла на ночь уйти вся семья.
В юго-восточной части владения показана домовая церковь Знамения Пресвятой Богородицы. При ней были два придела: во имя Благовещения Богоматери и во имя Никиты исповедника Мидикийского, который считался покровителем Никиты Романовича. Въезд во двор был с примыкающих переулков. На плане хорошо видны ворота со стороны Кремля. Это парадный въезд. Был еще вход в усадьбу с другой стороны – южной, для дворни.
Планировка двора позволяла хозяевам жить в городе так же, как в вотчине – ни в чем не нуждаясь. На территории двора было много хозяйственных построек, без которых не могла обойтись ни одна городская усадьба: сараи, амбары, конюшня, баня, кузница, поварня, сушило, ледник, а также людские избы, в которых жила дворня. В подвалах дома хранилась казна и хозяйственные припасы. В среднем этаже, подклете, была кухня, или «поварня». Второй этаж, «жилье» или «непокоевые палаты» – каменная часть дома. Здесь долго не находились, то есть, не спали, не отдыхали, а проводили какое-то время. Следующий этаж, деревянный, назывался «покоевые палаты». Там были спальни, комнаты для долгого присутствия.
История двора в Зарядье и дома, которые сегодня занимает наш музей, тесно переплетается с судьбой нескольких поколений его владельцев – Юрьевых-Романовых. Он сохранил историю заговора бояр Романовых против Бориса Годунова; историю жизни Федора Никитича Романова, он же Филарет, впоследствии Патриарх Московский и всея Руси. Он был одним из участников заговора, в котором участвовали все пятеро его братьев. Более того: во главе заговора стояла, предположительно, его жена Ксения Ивановна.