Обе Кормчие разделили одну судьбу. Митрополит Макарий осудил Кормчую Нифонта: «святые правила неподлинны» и составил новую Кормчую, но труд не довел до конца. Стоглавый собор указывал на поврежденность книг переписчиками. Для исправления книг был приглашен Максим Грек, но за свои исправления был осужден как еретик. Оставалось довольствоваться Кормчими в бесчисленных списках и противоречивых редакциях. В таком состоянии приблизилось церковное право к печатным изданиям Кормчей в 1643–1653 гг.
Для печатного издания взяли за оригинал сербскую редакцию Кормчей. Возможно потому, что не нашли исправную редакцию среди русских рукописей. Возможно, предпочтение отдано было лаконичности сербской редакции, содержащей источники церковного права, принятые во всех автокефалиях. Сербская редакция содержала правила в кратком изложении. На Руси Кормчая была напечатана при патр. Иосифе в 1650 г., но в обращение не выпущена. В 1653 г. Кормчая исправлена патр. Никоном, отпечатана в количестве 1200 экземпляров и роздана.
Старообрядцы отвергли издание патр. Никона и сохранили Кормчие в издании патр. Иосифа, ставшие библиографической редкостью. В 1786 г. Кормчая с издания патр. Иосифа была напечатана старообрядцами в Варшаве, а в 1888 г. переиздана в Московской единоверческой типографии. В том же году Св. Синодом была переиздана никоновская Кормчая. Она была переиздана несколько раз. В 1839 г. был издан полный текст правил в новом переводе под заглавием «Книга правил св. апостол, св. соборов вселенских и поместных и св. отец». Канонический авторитет этого сборника остается бесспорным в наши дни.
Этот текст не свободен от ошибок. Новые издания нередко осуществляются с комментариями известных толкователей.