Вначале еврейское население жило вместе с населением христианским в центре Новогрудка. Но христианскому населению и шляхте это не нравилось. И местные христиане возбудили дело, касавшееся переселения евреев в специальные «еврейские» места.
Королем Сигизмундом Августом был издан указ от тридцатого сентября 1563-го года, предписывающий, чтоб евреи переселились на окраину города.
Новогрудские евреи не подчинились данному указу, обратившись в Варшаву в коронный суд, чтобы он их защитил от городского суда Новогрудка, настаивавшего на их изгнании. Но решение Королевского суда не противоречило решению суда городского. Евреям было приказано, чтоб они свои сады и дома отдали христианам. Евреи были обвинены в непредоставлении необходимых документов. Евреи и здесь не послушались, продолжая проживать в центре в своих домах.
С 1623-го года было подчинение новогрудской еврейской общины кагалу Бреста. Возведение каменного здания Главной синагоги осуществлялось караимами в 1648-м году. После его выкупила еврейская община. Но имело место существование там еще с 16-го столетия синагогального двора. Синагога Новогрудка по формам была суровой, это соответствовало времени.
Новогрудские евреи выплачивали налоги [4]:
«В середине XVI в. в Новогрудке было приблизительно 500—600 еврейских налогоплательщиков. В 1647 г. новогрудская община платила 1,062 золотых монет налога, в 1655 – 1,200, в 1664 – 2,600., в 1670 – 1,400 золотых монет».
В городе в 1630-м году свирепствовала чума, в 17-м столетии неоднократно случались серьезные пожары.
Новогрудок В 1655-м году был завоеван русскими войсками, а в 1659-м году его отбили войска гетмана Сапеги, в 1660-м году русские снова его завоевали. Евреи уничтожались и грабились всеми, кем захватывался город.
В Новогрудке у европейских купцов были особые отношения с окружением князя Радзивилла. В 17-м – 18-м столетиях евреи проживали в «юридике» Радзивилла (сохранялась до 1861-го года). Ими выплачивались налоги лишь князьям Радзивиллам, других налогов они не платили (в отличие от остальных горожан). Однако, налоги князю были не дешевыми, поэтому имело место обращение евреев юридики как к князю Радзивиллу, так и к князю Витгенштейну, который был после него, с просьбами об уменьшении налогового бремени.