Он намеревался стать профессиональным научным работником. К сожалению, в физиологическом институте у Брюкке не было вакантного места. А финансовое положение Фрейда ухудшилось в связи с предстоящей свадьбой на такой же бедной, как и он, Марте Верней. Науку пришлось оставить и искать средства к существованию. Имелся один выход – стать практикующим врачом, хотя к этой профессии он никакого тяготения не испытывал. Он принял решение заняться частной практикой в качестве невропатолога. Для этого пришлось сперва пойти работать в клинику, так как медицинского опыта у него не было. В клинике Фрейд основательно осваивает методы диагностики и лечения детей с пораженным мозгом (больных детским параличом), а также различных нарушений речи (афазий). Его публикации об этом становятся известны в научных и медицинских кругах.
Семья Фрейда. З. Фрейд по центру, за матерью, 1878 г.
Фрейд приобретает репутацию высококвалифицированного врача-невропатолога. Своих больных он лечил принятыми в то время методами физиотерапии. Считалось, что поскольку нервная система представляет собой материальный орган, то и болезненные изменения, которые в ней происходят, должны иметь материальные причины. Поэтому устранять их следует посредством физических процедур, воздействуя на больного теплом, водой, электричеством и др. Очень скоро, однако, Фрейд стал испытывать неудовлетворенность этими физиотерапевтическими процедурами. Эффективность лечения оставляла желать лучшего, и он задумался над возможностью применить другие методы, в частности гипноз, используя который некоторые врачи добивались хороших результатов. Одним из таких успешно практикующих врачей был Иосиф Брейер, который стал во всем покровительствовать молодому Фрейду (1884). Они совместно обсуждали причины заболеваний своих пациентов и перспективы лечения. Больными, которые к ним обращались, были главным образом женщины, страдавшие истерией. Болезнь проявлялась в различных симптомах – страхах (фобиях), потере чувствительности, отвращении к пище, раздвоении личности, галлюцинациях, спазмах и др.

В Университете Кларка, в Америке, после чтения З. Фрейдом лекции о психоанализе, 1909 г.
В конце 1882 г. Фрейд знакомится с историей Анны О., пациентки Брейера. Эта девушка потеряла отца, после чего у нее развились истерические симптомы: паралич конечностей, нарушение кожной чувствительности, расстройства речи и зрения. Помимо этого, у нее было раздвоение личности. Переход от одной личности к другой сопровождался у нее самогипнозом и рассказами о своей повседневной жизни. Во время одного из таких состояний она подробно рассказала о том, как у нее появился один из симптомов. Когда же она вернулась в обычное свое состояние, то вдруг обнаружилось, что этот симптом исчез. Это событие побудило Брейера к созданию нового метода лечения, названного им катарсическим: он погружал пациента в гипнотическое состояние и просил рассказывать со всеми подробностями обо всех событиях, сопутствующих появлению симптома.