От монархии Толстой переходит к критике чиновничества:
«В последнее время люди эти до такой степени у нас в России пали в нравственном и умственном значении, что если они прямо не воруют, как воровали те, которых обличили и прогнали, – они даже не умеют притвориться, что преследуют какие-нибудь общие государственные интересы, они только стараются как можно дольше получать свои жалованья, квартирные, разъездные. Так что управляет государством не самодержавная власть – какое-то особенное, священное лицо, мудрое, неподкупное, почитаемое народом, – а управляет в действительности стая жадных, пронырливых, безнравственных чиновников, пристроившихся к молодому, ничего не понимающему и не могущему понимать молодому мальчику, которому наговорили, что он может прекрасно управлять сам один».
В завершение статьи Толстой прямо называет Победоносцева, который, по его мнению, является символом режима, «одуряет и развращает» народ. Это новый вызов государству; Толстой будто бы нарочно старается уязвить власть – и добиться наказания.
В 1897 году в России проходит перепись населения, и несколько тысяч человек называют себя толстовцами. Учение объявлено вредной сектой. Борьбу с ней возглавляет сам всесильный «министр церкви» Победоносцев.
В первые годы правления Николая II Толстой начинает еще одну мощнейшую общественную кампанию – в защиту духоборов. Это христианская секта, очень близкая ему идейно: они отвергают обрядовую часть православия и любое насилие. В 1895 году духоборы, живущие недалеко от Тбилиси (тогда – Тифлис), протестуя против принудительного призыва в армию, собирают в кучу все имеющееся в местной общине оружие и сжигают. После этого репрессии против духоборов только усиливаются: их сажают в тюрьмы, отдают в дисциплинарные батальоны, ссылают.
Толстой и Чертков вступаются за духоборов, и вскоре о них начинает писать вся мировая пресса. И тогда у Толстого возникает идея вывезти духоборов туда, где их не будут преследовать. Рассматриваются разные варианты: Китай, Кипр, Гавайи.
Он начинает сбор денег и ради этого даже пересматривает собственное решение отказаться от гонораров. Специально побыстрее дописывает «Воскресение», чтобы все деньги от публикации романа отдать на помощь духоборам.
Правозащитная деятельность самого Толстого остается безнаказанной, но Черткову грозит ссылка в Сибирь. Благодаря связям удается сменить приговор на высылку за границу, и в 1897 году Чертков отправляется в Англию. Публицист, свободно владеющий английским, становится рупором Толстого в западном мире. И именно в Лондоне Чертков находит способ помочь духоборам. Новоявленный политэмигрант приходит к другому выходцу из России – князю Петру Кропоткину; тот живет в эмиграции уже больше 20 лет, с 1876 года. Знаменитый ученый-географ, открывший такое явление, как ледниковый период, и одновременно классик мирового анархизма берется помочь духоборам. Кропоткин не раз ездил в научные экспедиции в Канаду (и пришел к выводу, что эта территория геологически родственна Сибири). Туда он и предлагает переправить духоборов.