Перекрытия, кроме конхи, почти всегда стропильные, купола нет, сводчатые завершения базилик появляются позднее в восточной части империи и за ее границами.
Крайне важны малые архитектурные формы храма. Престол (mensa) как место совершения евхаристии, который в некоторых текстах мог быть назван и жертвенником, и трапезой, в западноевропейской традиции чаще называется просто алтарем, а в восточнохристианской терминологии алтарем называется все пространство пресвитерия. Жертвенник (protesis) как стол для совершения проскомидии (и также специальное пространство для него слева от престола) станет неотъемлемой частью алтаря только начиная со средневизантийского периода, а в более раннее время он располагался вне алтаря. Форма престола имеет два источника, соответственно двум линиям развития храма: от стола для совершения таинства евхаристии в римском доме и от саркофага мученика. Отсюда или деревянный престол, близкий к квадратной в плане форме, более характерный для восточнохристианской традиции, или преимущественно каменный престол вытянутой формы (обычно поперек оси храма), более типичный для западных храмов, хотя и не только для западных. В глубине алтарного пространства по центру – архиерейское Горнее место с примыкающими справа и слева местами для пресвитеров – сопрестолием (ϑρόνоς и ϭύνϑρоνоς). Пресвитерий мог отделяться от нефов лишь совсем низкой преградой, впоследствии получившей разные пути развития на Востоке и Западе. В ранних базиликах амвон (ἄμβων) со ступеньками в виде огражденного с трех сторон возвышения, часто с рельефами, находится в центре храма (может быть и два амвона для различных литургических чтений и проповеди).
По предположению Н. В. Покровского [135], развитой раннехристианской базилике предшествовала базилика частная как переходная стадия от места собраний в доме к отдельно стоящему храму. Можно допустить также, что структура римского дома косвенно оставила свой след в последовательности расположения базиликальных пространств (Табл. VII, VIII). Римский дом имел переднюю парадную часть с главным помещением – атриумом (с отверстием в кровле над бассейном), затем – перестильный дворик, а в глубине – более сокровенная часть дома с личными комнатами и с особой трапезной (второй после официального триклиния). Эта комната именовалась греческим словом дом – «oἴκоς», в латинизированном варианте – «oecus». Здесь собирались христиане для богослужения. Конечно, функциональное зонирование пространств базилики – иное, но ассоциативно представляется структура частного дома как, может быть, один из толчков для архитектурного развития будущего храма. Однако пока единственным археологически определенным фактом домовой церкви раннехристианского времени является обнаруженный в пограничной крепости Дура Эвропос дом-церковь середины третьего века, при этом структура его не столь «классична». Так что генезис храмового пространства раннего времени и сегодня остается во многом гипотетическим.