Совершенно исключительное положение занимает построенный в столице в 532–536 гг. императором Юстинианом храм святой Софии – Премудрости Божией [24]. Архитекторы – Анфимий из Тралл и Исидор из Милета. Собор, являющийся особым примером купольной базилики, имеет в плане основного объема размеры 70×75 м, с двумя нартексами, к которым примыкает атриум. Боковые нефы решены как двухуровневые галереи, существенно более тесные, чем расширенное центральное пространство. Здесь применен совершенно новаторский конструктивный прием перекрытия центрального нефа. Купол, диаметром около 32 м, имеет в основании часто расположенные окна, вызывающие ощущение парения его над зданием. Его распор по основной продольной оси перехватывают два полукупола, а ниже их меньшие по размерам также четвертьсферические своды (три с востока и два с запада), один из которых является конхой алтарной апсиды. По поперечной оси распор принимается мощными контрфорсами. К зданию примыкали дополнительные объемы. Храм, вероятно, имел П-образно выступающую к центру алтарную преграду и большой амвон под куполом. К сожалению, живопись доиконоборческого времени в Софии утрачена.
Взаимовлияние двух типов церквей раннехристианского времени приводит к формированию геометрически двухфокусного интерьера (алтарь и подкупольное пространство как образ присутствия Божия и образ преображенного мира). Это характерно и для купольных базилик VI века (храм св. Ирины в Константинополе, церковь св. Тита в Гортине на Крите, перестроенный храм св. Иоанна Богослова в Эфесе), и для центрических церквей, при этом не всегда мартириев, разных регионов (столичный храм свв. мучеников Сергия и Вакха, сирийский кафедральный собор в Босре, св. Виталия в отвоеванной Юстинианом у готов Равенне, октогональный в плане, с прекрасными образцами ранневизантийской живописи). Сооружаются в этот период и более архаичные некупольные базилики (две равеннские – «Sant Apollinare in Classe» и «Sant Apollinare Nuovo», Eufrosiana в Порече, синайская в монастыре св. великомученицы Екатерины, кавказская в Цандрипше – трехапсидная, с баптистерием и мартирием наряду с главным алтарем – это еще не трехчастный алтарь более поздних храмов). В завершении раннехристианского и в продолжение ранневизантийского периодов на периферии от основного круга архитектурных памятников появляются храмы, в которых прослеживается начало будущих крестовокупольных сооружений. На данном этапе это типологически центрические церкви, в плане которых присутствует крест, с алтарем в восточной ветви пространственного креста (храм преп. Давида в Фессалониках еще конца V – начала VI века, церковь в Каср-ибн-Вардан в Сирии, храм в селе Дранда в Абхазии VI века – в них стены отсекают угловые компартименты, что станет нормой в закавказском варианте крестово-купольного храма в VII столетии; также сирийские постройки VI в.: мартирий вне стен Русафы, в прошлом Сергиополя, и храм в иль Андерине, предвосхитившие плановую структуру основного варианта крестовокупольных церквей средневизантийского периода – храма с куполом на четырех опорах [157].)