1993 На базе музея Лимнологического института создан Байкальский музей СО РАН.
1993 Издан научно-справочный атлас «Байкал» Российской академией наук по материалам многолетних исследований 1961–1985 гг.
1995 В Иркутске состоялась 1-я международная туристическая ярмарка «Байкал-тур-95», проведение которой в последующем стало ежегодным.
1996, 5 декабря. На ХХ сессии ЮНЕСКО, состоявшейся в мексиканском городе Мерида, озеро Байкал внесено в Список всемирного наследия ЮНЕСКО как природный объект.
1997, 26 августа. По инициативе активистов «Байкальской экологической волны» учрежден День Байкала. Его стали отмечать ежегодно в четвертое воскресенье августа.
1998 В районе Ушканьих островов произведено самое глубокое бурение на Байкале (600 м) с вмороженной в лед платформы. Изучение осадков подтвердило существование озера в течение последних 15 млн лет. Получен непрерывный осадочный 600-метровый керн, охватывающий временной интервал от 0 до 10,3 млн лет, позволяющий составить палеоклиматическую летопись.
1999 Учеными создана новая, более точная батиметрическая карта озера Байкал, подробно отражающая современные знания о морфологии озера и рельефе его дна.
1999 Принят Федеральный закон «Об охране озера Байкал».
2000 В результате действий природоохранных организаций и экологов на Байкале приостановлен проект глубинного бурения для поисков нефти.
2000, июнь. В рамках федеральной программы «Национальное наследие» возрождены Ёрдынские игры. Они состоялись около пос. Еланцы, в долине р. Анги, у подножия горы Ехе-Ёрд. Периодичность игр – один раз в четыре года.
2003, февраль. Состоялась первая «Зимниада» в Иркутске, организованная при содействии администрации Иркутской области для пропаганды зимних видов спорта на Байкале.
2006, апрель. В целях исключения рисков экосистеме озера Байкал, под давлением общественности, перенесен маршрут трассы нефтепровода Восточная Сибирь – Тихий океан за границы водосборного бассейна Байкала.
2006, 6 декабря. Принято решение о создании особых экономических зон туристско-рекреационного типа на Байкале, на территории Иркутской области и Республики Бурятии.
2007 На Ушканьих островах установлены веб-камеры для наблюдения за нерпой в режиме реального времени.
2008 Проведен первый этап международной комплексной научно-исследовательской экспедиции ««Миры» на Байкале», осуществлено 52 погружения глубоководных аппаратов «Мир». Самая глубокая точка Байкала, которой достигли «Миры», – 1623 м от поверхности озера.