Король погиб в возрасте 24 лет в битве при Ксар-эль-Кеби́ре, расположенном на территории нынешнего Марокко, во время его неудавшегося африканского похода вместе со значительной частью 60-тысячной португальской армии. Тело короля так и не нашли, хотя чьи-то бренные останки, выдав их за королевские, как полагают историки, все-таки похоронили с почестями в лиссабонском Монастыре Иеронимитов. Главным, самым горьким итогом поражения стало то, что Португалия с гибелью короля, не оставившего потомства, потеряла свою независимость и на целых 60 лет стала вассальной территорией соседней Испании. Эта, наверное, самая трагичная страница истории страны сильно задела национальную гордость и самосознание народа: возникли мифы и легенды, прославлявшие великого короля Себаштьяна, утверждавшие, что он жив, что он явится в один прекрасный день словно мессия и освободит Португалию от иностранных захватчиков и самозванцев. Королю посвящали стихи и поэмы, в его честь устанавливали бюсты и памятники – довольно многочисленные, поэтому рассказать о них подробно не получится. Дон Себаштьян на целые столетия стал символом пришедшей после эпохи Великих географических открытий в упадок, но встающей с колен страны. Образ короля стал неотъемлемой частью внутренней и внешней политики Португалии того времени. А португальские историки, глядя на возведенные в его честь монументы, до сих пор спорят о том, что в жизни Дона Себаштьяна было ложью, а что правдой.