Одной наблюдательности, чутья, интуиции недостаточно для натуралиста. Второй дар Формозова – это дар понять и предугадать взаимосвязи природных явлений. Вот пример: как-то зимой, вспоминала одна из его учениц, Александр Николаевич показывал студентам следы на Звенигородской биостанции. Нашли следы землеройки… «Сейчас мы найдем ее замерзшей», – предсказал профессор своим студентам. И действительно, через сотню метров на снегу лежала окоченевшая обыкновенная бурозубка. Разгадка была в том, что стоял крепкий мороз, снег был с настом, маленькая землеройка выскочила на поверхность, и по ее следам было заметно, что она то и дело пытается, но не может закопаться. Теплопотери у маленького зверька столь велики, что долго на поверхности снега землеройка не выдержит, и отцу сразу стало ясно, что минуты ее жизни сочтены. То, что показалось студентам чуть ли не ясновидением, было на самом деле сочетанием наблюдательности со знанием экологии.
Работы Формозова были приоритетными для мировой науки по нескольким направлениям. Он первый заговорил о том, как снежный покров влияет на поведение, облик и распространение животных северных стран, первый вышел на обобщение, что норы степных грызунов из века в век преобразуют и формируют ландшафт степей. И не только в этом, но и во многом другом он был первопроходцем. Но все же стройные абстрактные теории его мало привлекали, гораздо ближе ему были живые непосредственные факты. Также он читал и лекции студентам, разворачивая перед ними полотно фактов, наблюдений, зарисовок столь выпукло, что закономерности проявлялись сами собой. Обнаруженные самими слушателями, они запоминались тверже и понимались точнее, чем если были бы предложены им в готовом виде. Та же верность фактам заставила Формозова выступить против всесильного сталинского временщика от науки Т. Д. Лысенко, мастера умозрительных конъюнктурных построений. Трофим Денисович, не довольствуясь победой над генетикой, решил усовершенствовать теорию эволюции и заявил об отсутствии внутривидовой борьбы. «Не заяц ест зайца, а волк ест зайца», – разглагольствовал колхозный академик. Группа профессоров МГУ, в том числе и Формозов, выступила с опровержениями. А. Н. Формозов обнаружил доказательства внутривидовой борьбы (иными словами, конкуренции) в природе, кстати, в том числе и у зайцев, и промолчать было не в его правилах.