Поиск, предпринятый в архивах, позволил выявить факты, позволяющие по-новому осветить ряд процессов, происходивших в отечественном гуманитарном знании в рассматриваемый период. Весьма продуктивным оказался анализ материалов по личному составу археологических учреждений и различного рода стенограмм. Особняком стоят дневниковые и эпистолярные документы, а также неопубликованные мемуарные произведения. Наконец, ещё одна важнейшая категория источников требует особого упоминания. Это рукописи научных работ, проспекты к ним, материалы к лекционным курсам, тезисы и резюме докладов, то есть все то, что так или иначе не попало в печать, но, безусловно, напрямую характеризует развитие археологической мысли. Материалы этого круга позволяют в ряде случаев довольно сильно скорректировать сложившиеся представления о русской археологии рассматриваемого периода.
Публикации второй половины XIX – первой трети XX в. представляют собой важнейший источник по истории археологической мысли в России. Многие из них в дальнейшем «выпали» из научного оборота и содержат почти уникальную информацию. Однако этот источник, как и любой другой, бывает и лукав, и неоднозначен. Публикации, особенно полемические, требуют приложения достаточно изощренных методов научной критики. Как это ни парадоксально звучит, но порой важнее понять, о чём они старательно умалчивают, нежели усвоить, что говорится в них напрямую.
На начальной, источниковедческой ступени исследования потребовалось определить последовательность сбора и использования обширного архивного материала, уяснить значение различных комплексов архивных источников, а также характер отражения одних и тех же фактов и процессов в разных категориях документов (например, в стенограммах, газетных публикациях и эпистолярном наследии). В настоящий момент представляется наиболее продуктивным опираться, по мере возможности, на более-менее цельные комплексы однотипных архивных источников, отражающих историческое развитие отдельных явлений за известный период времени. К комплексам такого рода, учтенным в данной работе, относятся, например, серии стенографических отчетов общих собраний сотрудников РАИМК/ГАИМК и стенограмм заседаний ее Правления и Совета. Результативным оказался и анализ цельного комплекса документов по аспирантуре ГАИМК и т. д.