Оксфорд, как и Кембридж, счастливо пережил Реформацию. Генрих VIII содействовал развитию университетов. По его указу многие монастыри и церкви передавали в университетские библиотеки рукописные книги. Строились новые колледжи, приглашались ученые со всего мира. Здесь преподавали Иоанн Дунс Скот, Уильям Оккам, Роджер Бэкон. В Оксфорд приезжали студенты со всей Европы – из Италии, Германии, Испании, Польши, России.
При Генрихе VIII был основан колледж Крайст Чёрч. Но король не без основания боялся, что университет получит слишком большую самостоятельность и выйдет из-под влияния королевской власти. Поэтому он посылал из Лондона инспекторов, которым придавал большую власть. Они могли сменять руководителей колледжей и изменять систему преподавания. После смерти Генриха и при кратком правлении его сына Эдуарда VI инспектора вмешивались в университетские дела. По их вине в 1549 году была разрушена библиотека Хамфри.
Королева Мария, старшая дочь Генриха, во время своего правления пыталась восстановить католицизм. Она обвиняла протестантских епископов в ереси и сжигала церкви. При ней в Кембридже, прямо напротив Бэллиол-колледжа, были сожжены три протестантских епископа: Томас Крамнер, архиепископ Кентербери, Хью Латимер, епископ Ворчестера, и Николас Ридли, епископ Рочестера. Все они учились в Кембридже, достигли высоких постов, но были обвинены «кровавой» Марией в ереси и казнены.
Другая дочь Генриха, королева Елизавета I, вернулась к заветам своего отца, отказавшегося от римской католической церкви. Правда, ей пришлось выдержать упорное сопротивление кембриджских священников, принявших католицизм и отказавшихся признавать королеву как главу церкви. Как и Генрих, Елизавета оказывала поддержку университетам. В Оксфорде ее фаворит Роберт Дадли стал главой (ченслером) университета и занимал этот важный пост с 1564 по 1588 год.
Елизавета любила посещать Оксфорд. Она была здесь дважды – в 1566 и 1592 году. В первый ее приезд студенты приветствовали королеву на латыни, греческом и иврите. Елизавета приняла участие в философских диспутах, происходивших в церкви св. Марии. После семи дней академических занятий королева выступила перед членами университета с речью, которую закончила словами: «Я закончу мою речь молитвой: я надеюсь, что вы достигнете процветания при моей жизни и станете еще более счастливым поколением после моей смерти».