После начала второй мировой войны, 26 сентября 1939 года, французское правительство объявило коммунистическую деятельность незаконной как в самой Франции, так и в колониях. В Индокитае арестовали многих рядовых коммунистов. Руководители КПИК перебрались в Китай, где начали готовиться к партизанской войне.
В начале второй мировой войны ЦК Коммунистической партии Индокитая высказался против военных усилий антигерманской коалиции Франции, Великобритании и США. Хо Ши Мин надеялся, что победа фашистской Германии приведет к развалу французской колониальной империи и у Вьетнама появится возможность обрести государственную независимость. Руководство КПИК также возлагало надежды на милитаристскую Японию, которая вела войну с западными державами под паназиатскими лозунгами борьбы желтой расы с белой.
Лишь после нападения Германии на СССР ЦК КПИК пересмотрел свое отношение к войне, которая теперь характеризовалась как антифашистская, и принял решение о начале «вооруженной борьбы против колониализма и фашизма во всех трех странах Индокитая».
Франция сама вскормила кхмерский национализм. Причем не репрессиями или жестоким подавлением национально-освободительных восстаний, а просветительской деятельностью. Французы нашли, очистили от джунглей и восстановили храмовый комплекс Ангкора. Кхмеры почти забыли о своем былом величии. Французы напомнили. Они создали в Пномпене два учебных заведения – Буддийский институт и Высшую школу пали, в которых молодые кхмеры скрупулезно восстанавливали славную историю своей родины.
В конечном итоге они пришли к выводу, что Камбоджа заслуживает лучшей доли, и начали популяризировать идею национальной независимости. Французы попытались в зародыше задушить эти поползновения. Но было уже поздно. Семена национального самосознания дали плодоносящие всходы.
В начале 1940-х годов в Таиланде группа камбоджийских националистов учредила движение Кхмер Иссарак («Свободные кхмеры»), декларировавшее своей целью восстановление государственной независимости Камбоджи. Появились группы сопротивления, организовавшие антифранцузские демонстрации и акции неповиновения. Французы провели аресты среди иссараковских активистов, часть которых скрылась в Южном Вьетнаме. Там их обласкали вьетнамские коммунисты, предложив сотрудничество в борьбе против французского колониализма.