А в 1870 году, во время Франко-прусской войны, Ницше решил отправиться на фронт, но нейтральная Швейцария разрешила ему стать лишь санитаром. Сопровождая транспорт раненых в Карлсруэ, Ницше заразился дизентерией и дифтеритом, провел неделю в Эрлангенском госпитале, находясь между жизнью и смертью. Война надломила духовное и физическое здоровье молодого человека: с тех пор к нему уже никогда не возвращались ни спокойный сон, ни уравновешенное настроение.
Последующие годы Ницше жил главным образом в Швейцарии и в Италии. Под влиянием мыслей Шопенгауэра и эстетических идей Вагнера он перешел от занятий классической филологией к философии. При этом его продолжали мучить сильные головные боли. «Несколько раз спасенный от смерти у самого ее порога и преследуемый страшными страданиями – так я живу изо дня в день; каждый день имеет свою историю болезни», – так он сам описывал в письме к другу страдания, которые испытывал на протяжении многих лет.
Из-за болезни Ницше вынужден был оставить преподавание в университете.
Зиму 1876–1877 гг. Ницше провел в мягком климате Сорренто, где жил в обществе нескольких друзей: из Рима приехала его давняя приятельница Мальвида фон Мейзенбух (автор известных «Мемуаров идеалистки»); из Восточной Пруссии прибыл доктор Пауль Рэ, с которым Ницше связала крепкая дружба.
Увы, пребывание на юге не облегчило его мук. С начала 1879 года каждодневные приступы болезни Ницше сопровождались непрерывной рвотой. Он недолго и безуспешно лечился в Женеве. После оставления профессорской должности в Базельском университете по состоянию здоровья Ницше назначили ежегодную пенсию в 3000 франков. Он вел отшельническую жизнь в Италии и в Швейцарских Альпах, в Энгадине, в маленькой деревушке Сильс-Мария.
12 ноября 1887 года Ницше написал своему другу Францу Овербеку: «Мне кажется, что для меня замкнулась своего рода эпоха; обратный просмотр был бы как нельзя более уместен. Десятилетие болезни, больше чем десятилетие, и не просто болезни, от которой существовали бы врачи и лекарства. Знает ли, собственно, кто-либо, что сделало меня больным? Что годами держало меня возле смерти в жажде смерти? Не думаю. Если исключить Вагнера, то никто еще не шел мне навстречу с тысячной долей страсти и страдания, чтобы найти со мною “общий язык”; так был я уже ребенком один, я и сегодня еще один, в свои 44 года. Это ужасное десятилетие, оставшееся за мною, вдоволь дало мне отведать, что значит быть в такой степени одиноким, уединенным: что значит одиночество страдающего, который лишен всякого средства хотя бы сопротивляться, хотя бы “защищать себя”. Круг чтения: Монтень, письма Галиани к мадам д’Эпине, дневник Гонкуров. Выход в свет “Генеалогии морали”. И, как всегда, музыка, музыка, музыка… Меня раздражает все, что нельзя выразить музыкой».