В период с 2006 по 2007 г. на обслуживание в системе государственного казначейства были переведены министерства силового блока, также в указанный период ГГК стало выполнять функции распределения регулирующих доходов между республиканским бюджетом, областными бюджетами, бюджетами районов и городов по соответствующим нормативам отчислений.
С 2006 г. изменился механизм исполнения республиканского бюджета по доходам. Учет операций по платежам стал осуществляться государственным казначейством и его территориальными органами.
С этой целью для каждого органа взыскания (т. е. налогового, таможенного и др.) территориальными органами государственного казначейства были открыты транзитные счета для зачисления платежей в бюджет. Порядок функционирования данных счетов предусматривает ежедневное перечисление поступающих средств на ЕКС Минфина и представление банками выписок о движении средств территориальным органам казначейства. Учет поступивших доходов на транзитные счета, а также зачетов, возвратов платежей осуществляется территориальными органами казначейства в лицевых счетах органов взыскания. Выписки из лицевых счетов ежедневно определяются соответствующим органом взыскания и являются основанием для отражения операций по платежам в бюджет в их учете.
Кроме того, ГГК стало выполнять функции распределения регулирующих доходов между республиканским бюджетом, областными бюджетами, бюджетами районов и городов по соответствующим нормативам отчислений.
4-й этап. Среди основных вопросов, решаемых в этот период (2007 г. – настоящее время), стало завершение охвата казначейскими технологиями государственных финансовых потоков. Для этого на обслуживание в системе государственного казначейства были переведены министерства силового блока (Министерство внутренних дел (МВД), Государственный таможенный комитет (ГТК), Генеральная прокуратура и др.), с 01.01.2010 г. – внебюджетные средства бюджетных организаций.
В период с 2008 по 2015 г. интенсивное развитие системы государственного казначейства стало происходить за счет оптимизации и повышения эффективности используемых механизмов и инструментов. В это время были завершены поэтапные мероприятия по переводу всех получателей бюджетных средств на обслуживание в системе государственного казначейства.