Иноки монастыря Архангелов претерпели много бед: от меча, голода, землетрясений и по другим причинам. Например, в 1827 г. во время сильного землетрясения в главном храме монастыря обрушился свод, были повреждены один придел и 70 братских келий. Придел этот был посвящен святым бессребреникам Косме и Дамиану и сюда приходили даже больные турки ради чудесных исцелений, совершавшихся здесь в разное время.
После землетрясения братия начали собирать камни и запасать материалы для восстановления обители. Но работа подвиглась медленно, так как монахи привыкли к иным иноческим подвигам. Рабочих рук недоставало, к тому же для восстановления монастыря нужны были опытные мастера. И тогда отец Анфим, бывший тогда настоятелем, сделал заем у турка-ростовщика. С этого времени, несмотря на вклады благочестивых людей из Кесарии, монастырь впал в долги. К тому же неурожаи нескольких последующих лет лишили обитель средств, на которые она воспитывала детей семи окрестных селений. 60 мальчиков получали в монастыре Архангелов все содержание и одежду, но главное – в них взращивались семена христианских добродетелей и благочестия. И долго не было ни средств, ни даже надежд, чтобы увеличить число воспитанников и поощрить их к наукам.
В 1847 г. Каппадокию посетил известный русский путешественник П. А. Чихачев, который сообщил о бедственном положении иноверцев российскому посольству в Константинополе. А оно, в свою очередь, исходатайствовало у императора Николая I всемилостивейшее дозволение на прибытие в Россию для сбора средств тогдашнего настоятеля обители – архимандрита Порфирия. В Санкт-Петербурге ему была дана от Святейшего синода книга, в которую вносились пожертвования от благочестивых людей.
Архимандрит Порфирий предполагал (в зависимости от собранной суммы) уплатить с процентами лежавший на монастыре долг, устроить училище во имя святого Василия Великого – иерарха Кесарии Каппадокийской и вселенского учителя, в память царицы Елены устроить от соименных им русских серебряную дарохранительницу. К тому же он хотел приобрести 12 икон (на каждый месяц года) с ликами святых греческих и российских, устроить церковную утварь и одежды для священнослужителей.
Благочестивая великая княгиня Елена Павловна, соименная с равноапостольной царицей Еленой, принесла в дар монастырю Архангелов ценную церковную утварь и высоким покровительством своим положила начало возрождению монастыря, посвященного бесплотным силам небесным.