После выявления основных черт той группы объектов, в которую входит изучаемый объект, на основе знания сходных объектов можно выдвинуть гипотезы о его свойствах, поведении, функционировании. Это очень мощное средство познания – построение гипотез о еще неизвестных свойствах данного объекта на основании того, что мы знаем, что данный объект принадлежит к данному классу объектов, и другие члены этого класса имеют такие-то свойства. Основанием для таких гипотез является целостность объектов исследования. Если мы выбрали в качестве объекта исследования не случайную совокупность свойств, а действительно целостную систему, то ее признаки скоррелированы друг с другом. Это значит, что если мы находим некоторую группу сходств между объектами, то возрастает наша уверенность в том, что эти объекты сходны и по многим другим свойствам. Без такого выделения типичных свойств объектов научные законы не могли бы быть сформулированы. Ученые ведь не исследуют все капли воды в океане, чтобы убедиться, что их свойства похожи; изучив некоторое количество воды и сделав заключение, что весь океан состоит из такого вещества, мы заранее полагаем, что свойства всех его частиц примерно одинаковы.
Такие гипотезы проверяются либо наблюдением за реальным поведением объекта, либо экспериментальным путем. Эксперимент есть то же самое наблюдение за поведением природного объекта, только это наблюдение производится в искусственно созданной и контролируемой обстановке. Степень «созданности» и «контроля» обстановки бывают весьма различными, так что по сути дела эксперименты возможны в любых науках. Рассмотрев результаты наблюдений и экспериментов, мы сравниваем наши гипотезы о поведении тех или иных свойств с реально наблюдаемыми результатами и на этой основе уточняем представление о строении объекта. Научное исследование итерационно, оно подобно змее, кусающей свой хвост: его результат состоит в выходе на самое начало исследования, но уже с новым опытом, что позволяет лучше описать систему сходств и отличий изучаемого объекта от других объектов, переопределить состав группы сходных объектов и продолжить итеративную процедуру изучения. Корректируя в соответствии с результатами наблюдений и экспериментов гипотезы о связи свойств объекта, мы выделяем новые свойства (число их в любом реальном объекте бесконечно), образуем новые группы сходных объектов и заново исследуем свойства этих групп. Отсюда можно видеть, что практически на всех этапах научного исследования мы сравниваем морфологическое строение объектов между собой и объединяем сходные объекты в группы; эта операция является основной операцией научного метода. В циклическом процессе познания действительности сравнительный метод играет связующую роль.