В эзотерике руны, как правило, используются в амулетных техниках, руническом гадании, реже – в качестве магических печатей (сигилов).
Принцип действия рун и по сей день остается спорным моментом. Древние скандинавы шли по пути наименьшего сопротивления – обращение к той или иной руне сопровождалось обращением к асу или вану (божеству), который ей покровительствовал, то есть к эгрегору или части коллективного бессознательного, обладающему своим квазисознанием (для теории эгрегоров и архетипов соответственно). Если та или иная руна выпадала в гадании, это означало, что на данный момент гадающий пользуется вниманием и влиянием (что практически одно и то же) определенного божества. Такая модель мира все объясняла, и ей можно было спокойно пользоваться. К сожалению, на данный момент эгрегоры скандинавских (как и любых других языческих) божеств далеко не так сильны, как раньше, однако руны действуют по-прежнему эффективно, что заставляет усомниться в этой гипотезе.
С точки зрения биоэнергетики руна представляет собой некую систему энергетических вибраций, которая вступает в резонанс с энергетической составляющей человека и окружающей среды. Направление энергетических потоков определяется начертанием руны. Именно этим можно объяснить, почему рисунки, изображенные одним и тем же способом на одном и том же материале и даже состоящие из одинакового числа элементов, по-разному взаимодействуют с реальностью.