Значение данного события трудно переоценить. В тот день Иоанн стал преемником византийских императоров, а Москва – Третьим Римом, столицей великой православной империи. Через две недели царь, подчеркивая свое совершеннолетие, женится на Анастасии Романовой и находит опору в ее родне. Но реальной властью в полной мере Иоанн еще не обладал. Популярность правительства Глинских падала с каждым днем, чему способствовало не только неумелое правление царской родни, но и незримая деятельность княжеской оппозиции.
Понимая недоверие царя, представители высшей аристократии решили поставить у трона незнатного Адашева и священника Сильвестра. Оба они были в «великой любви» (Кобрин) и «дружбе» (Валишевский) у Старицкого князя Владимира Андреевича, более 20 лет возглавлявшего вместе со своею матерью, княгиней Ефросинией, боярско-княжескую партию. Адашев и Сильвестр поддерживали «особые отношения» с князем Курбским (Валишевский). Пользуясь этими ставленниками, удельные князья могли влиять на государственную политику, оставаясь в тени.
Для претворения заговора в жизнь было подготовлено очередное «народное возмущение». Весной 1547 года столица напоминала пороховую бочку в прямом и переносном смысле: в кремлевских башнях сложили огромные запасы «пушечного зелья», а на московских посадах толпилось невиданное раньше количество разоренного и разбойного люда. С апреля то тут, то там в городе вспыхивали пожары, собирались толпы недовольных.
21 июня на Воздвиженке начался пожар, названный впоследствии «Великим». За 10 часов выгорело 25 000 дворов, взорвались кремлевские стены. Погибло от 1700 до 3700 человек. И сразу же поползли слухи, что город подожгли Глинские с помощью колдовства. Якобы сама царская бабка, Анна Глинская, окропила город заговоренной водой, от которой и вспыхнуло пламя.
Эта клевета была работой заговорщиков из княжеской партии: царского духовника Ф. Бармина, князя Скопина-Шуйского, боярина И.П. Федорова-Челяднина, князя Ю. Темкина-Ростовского, Ф.М. Нагого и Г.Ю. Захарьина. На заседании Думы 23 июня они открыто обвинили царскую родню в поджоге. Царь удивился, но поручил создать комиссию для расследования дела.
Сами же заговорщики и возглавили следствие. Не мудрствуя лукаво, они собрали на кремлевской площади толпу и спросили народ: кто жег столицу? Наемники закричали: «Глинские!». Этого «доказательства» оказалось достаточно, судьба Глинских была решена. Неосторожно пришедший на площадь Юрий Глинский пытался укрыться в Успенском соборе, но его выволокли оттуда и «всем миром» забили камнями. Начался направляемый незримой рукой погром. Разгромили дворы Глинских и их людей, перебили ополченцев из Северской земли, на которых Глинские пытались опереться в борьбе за власть. Из ссылки были вызваны одиозные Шуйские. Уже одно это говорило о том, кто стоял за беспорядками.