Конечно, политическое положение Иоанна, особенно в первые годы правления дуумвирата, было весьма зависимым. Но Костомаров, без сомнения, преувеличивал, когда писал о том, что царь не смел и мыслить без ведома Сильвестра. Государь имел свой взгляд на сущность государственной власти и просто не спешил знакомить с ним временщиков, не без основания опасаясь их сильных и многочисленных сторонников. Однако и царь не был одинок.
Главным идеологом и идейным вдохновителем его царствования, можно без сомнения назвать митрополита Московского и всея Руси Макария. Он воспитывал царя с детства, приучил его к чтению книг и привил ему глубокую религиозность (как свидетельствуют современники, царь никогда в жизни не пропускал богослужений, каждый день проводя в храме по 6–8 часов). Венчание на царство, супружество, Земские соборы, Казанский поход – все важнейшие события личной и общественной жизни царя состоялись по совету и благословению святителя Макария.
Какое сильное влияние оказал митрополит Макарий на становление Московского самодержавия, свидетельствует хотя бы то, что именно ему принадлежит изначальное употребление слова «Россия». До него такого понятия в ходу не было. Протоиерей Григорий Дьяченко в «Полном Церковно-Славянском Словаре» пишет: «Первоначально Россия называлась «Русью», затем, до Иоанна IV Грозного она называлась «Русиа». Современный Иоанну Грозному митрополит Московский Макарий первым начал употреблять слово «Россия», и государи, следовавшие за Иоанном Грозным, в своих речах и грамотах большею частью употребляли слово «Русиа» и весьма редко Россия, и только с царствования Алексея Михайловича вместо «Русиа» во всеобщее употребление вошло слово Россия». Таким образом, само современное название нашего государства есть результат деятельности святого митрополита Макария, учителя и духовного наставника царя Иоанна.
Кроме святителя Макария, у царя были и другие весьма мудрые и прозорливые советники. 8 сентября 1549 года государю был подан проект реформ И.С. Пересветова. В нем осуждалось засилье бояр и отсутствие законности, а «грозному и мудрому царю» предлагалось управлять независимо от вельмож, на благо всего государства, а не касты аристократов. В противовес политике Сильвестра-Адашева, выражавшей интересы удельных князей, предложенные Пересветовым преобразования способствовали укреплению державы.