В целях реализации приоритетных направлений развития образования, науки, технологий и техники для обеспечения потребностей отраслей экономики и социальной сферы в соответствии с указами Президента РФ в Российской Федерации были созданы федеральные университеты и национальные исследовательские университеты. Согласно Указу Президента РФ от 7 октября 2008 г. № 1448 «О реализации пилотного проекта по созданию национальных исследовательских университетов» такой статус имеют, например, следующие образовательным организации: Государственный университет «Высшая школа экономики», Московский авиационный институт, Московский государственный технический университет им. Н. Э. Баумана, Пермский государственный технический университет, Санкт-Петербургский государственный горный институт им. Г. В. Плеханова, Томский политехнический университет и др.
Впоследствии на основании Указа Президента РФ от 21 октября 2009 г. № 1172 «О создании федеральных университетов в Северо-Западном, Приволжском, Уральском и Дальневосточном федеральных округах» были созданы федеральные университеты – Северный (Арктический), Приволжский, Уральский, Дальневосточный, которые будут готовить конкурентоспособных специалистов для своего федерального округа. В настоящее время в Российской Федерации осуществляют деятельность 10 федеральных университетов, по распоряжению Правительства РФ от 4 августа 2014 г. № 1465-р создан Крымский федеральный университет им. В. И.Вернадского.
Большое значение для развития образования в Российской Федерации уделяется законам субъектов РФ (региональное законодательство). Согласно и. «е» ст. 72 Конституции РФ общие вопросы воспитания, образования, науки, культуры находятся в совместном ведении Российской Федерации и субъектов Российской Федерации, поэтому субъекты РФ вправе принимать законодательство в сфере образования. Например, законодательство г. Санкт-Петербурга, Московской, Саратовской, Калининградской областей уточняет условия и порядок приема и отчисления обучающихся, а в Республиках Саха (Якутия) и Северная Осетия – Алания законы об образовании учитывают местные традиции и обычаи. В соответствии с федеральным законодательством в образовательных организациях регионов могут вводить форменную одежду для обучающихся, устанавливать плату за предоставление образовательных услуг, определять вид сделок с имуществом школы (вуза) и др.