Начиная с 7-й сцены («Царские палаты») Борис выходит на первый план. Царь, которого только что покинул колдун (что указывает на неуверенность правителя в своих силах), произносит исповедальный монолог. Он царствует шестой год (столько же лет прошло между гибелью Димитрия и воцарением Бориса; хронологическая симметрия показательна); правление оказалось неудачным – голод, пожары, «неблагодарность» черни. Жених любимой дочери мертв; одной смелости для обладания властью мало; право на нее должно быть подкреплено внутренней правотой:
…И все тошнит, и голова кружится,
И мальчики кровавые в глазах…
И рад бежать, да некуда… ужасно!
Да, жалок тот, в ком совесть нечиста.
Почва уходит из-под ног Бориса Годунова – он это чувствует, хотя ничего еще не знает о «воскресении» Димитрия (Патриарх не решился известить государя о бегстве Григория).
Страшная новость настигает Годунова в 10-й сцене (также названной «Царские палаты»); ее спешит сообщить хитрый Шуйский, с которым накануне московский боярин Пушкин поделился вестью, полученной от краковского племянника Гаврилы Пушкина. (Попутно в уста пушкинского предка вложены мысли автора трагедии о разорении древних боярских родов – в том числе «Романовых, отечества надежды» – как о политической причине Смуты. Это рассуждение меняет все «смысловые пропорции» трагедии, где на примере Шуйского показана потеря достоинства древним боярством, а на примере Басманова – изворотливая подлость боярства нового.)
Потрясенный Борис в недоумении: что же такое «законность» власти, избранной всенародно и утвержденной церковно, если мертвые имеют «право» выходить из гроба, чтобы допрашивать царей? Политические следствия порождены моральными причинами; Лжедимитрий способен внушить толпе опасные идеи и повести ее за собою; тень готова сорвать с царя порфиру: «Так вот зачем тринадцать лет мне сряду / Все снилося убитое дитя!».
Сцена 15-я («Царская дума») служит кульминацией «годуновской» линии сюжета. Войска Лжедимитрия движутся на Москву; отправив Трубецкого и Басманова на войну, Годунов держит совет с приближенными: как остановить Смуту? Патриарх, которого Пушкин (вопреки историческому прототипу – Иову) изображает глуповатым добряком, простаком, неожиданно предлагает моральный выход из создавшихся обстоятельств: перенести чудотворные мощи царевича Димитрия из Углича в Архангельский собор столицы.