Бог или семья – это противоречие раздирало душу П. А. Флоренского в течение шести лет (с 1904 по 1910), но духовник был непреклонен. Особенно тяжелый период жизни наступил для П. А. Флоренского после окончания Московской Духовной академии. Как духовно-учебное заведение, Академия во многом не удовлетворяла П. А. Флоренского, и он начал преподавательскую деятельность лишь по настоянию Владыки Антония. К тому времени П. А. Флоренский лишился отца († 22 января 1908), через которого он остро чувствовал свою коренную связь с костромским родом «дьячков». Самый близкий друг, С. С. Троицкий, закончив в 1907 году Академию, поселился в Тифлисе.
«Мой кроткий, мой ясный! Холодом, грустью и одиночеством дохнула на меня наша сводчатая комната, когда я в первый раз после поездки открыл дверь в нее. Теперь – увы! – я вошел в нее уже один, без тебя <…> Дни и ночи сливаются для меня. Я как будто не знаю, где я и что со мною <…> Я одинок, абсолютно одинок в целом свете. Но мое тоскливое одиночество сладко ноет в груди. Порою кажется, что я обратился в один из тех листов, которые кружатся ветром на дорожках»[11].
Скончался и старец Исидор († 3 февраля 1908), земной ангел-утешитель, кроткий и простой, чьими «дружескими молитвами узрел „духовную зарю” торжествующего Неба» П. А. Флоренский[12]. Теперь лучезарное Небо скрылось, и вместо него серые тучи заволокли душу. Стальным кольцом обступили тоска и отчаяние.
По воспоминаниям А. В. Ельчанинова, П. А. Флоренский находился в состоянии «тихого бунта». Лето 1910 года было переломным. Духовник не ошибся: П. А. Флоренский встретил человека, с которым соединил свою жизнь. Это была А. М. Гиацинтова (31 января 1889 – † 18 марта 1973), происходившая из крестьянской семьи села Кутловы Борки Рязанской губернии. В семейной жизни Владыка Антоний видел прежде всего таинство Брака, которое не только требует особых подвигов, но и подает Божественную благодать, так же как и прочие таинства. Для отца Павла семья была одним из главных мерил, помогавших безошибочно определять свое отношение к людям и событиям.
Время, когда налаживалась семейная жизнь П. А. Флоренского, было одно из самых счастливых для него. Семья внесла глубокие изменения в духовный склад П. А. Флоренского. Первый ребенок отца Павла, Василий, был для него не просто долгожданным сыном, но живым напоминанием о переломе в жизни. Всего у отца Павла было пятеро детей. Дети были для него живительным источником, родником;