Правительство всячески торопило с организацией экспедиции и форсировало ее выход из Кронштадта. В своей записке Крузенштерн намечал и начальников обеих «дивизий», направляемых к Южному и Северному полюсам. Наиболее подходящим начальником «первой дивизии», предназначенной для открытий в Антарктике, Крузенштерн считал выдающегося мореплавателя капитана 2-го ранга В. М. Головнина, но последний, как уже указывалось, находился в то время в кругосветном плавании; начальником «второй дивизии», шедшей в Арктику, он намечал О. Е. Коцебу, своим плаванием в северных широтах на «Рюрике» доказавшем свои выдающиеся качества мореплавателя и ученого моряка. Ввиду отсутствия Головнина, Крузенштерн предлагал взамен назначить своего бывшего соплавателя капитана 2-го ранга Ф. Ф. Беллинсгаузена, командовавшего тогда одним из фрегатов на Черном море. По этому поводу Крузенштерн писал: «Наш флот, конечно, богат предприимчивыми и искусными офицерами, однако из всех тех, коих я знаю, не может никто, кроме Головнина, сравняться с Беллинсгаузеном».[8]
Правительство, однако, не последовало этому совету, и начальником первой дивизии был назначен ближайший помощник Крузенштерна по кругосветной экспедиции на корабле «Надежда» – капитан-командор М. И. Ратманов, а начальником второй – капитан-лейтенант М. Н. Васильев. Ратманов, незадолго до своего назначения потерпевший кораблекрушение у мыса Скагена при возвращении из Испании, находился в Копенгагене, и здоровье его было в расстроенном состоянии. Он просил по этому случаю не посылать его в дальнее плавание и, в свою очередь, выдвинул кандидатуру Ф. Ф. Беллинсгаузена.
Выбор кораблей. Как уже отмечалось, по желанию правительства обе экспедиции снаряжались в весьма спешном порядке, ввиду чего в состав их были включены не специально построенные для плавания во льдах парусные корабли, а находившиеся в постройке шлюпы, предназначавшиеся для отправления в обычные кругосветные плавания. Первая дивизия состояла из шлюпов «Восток» и «Мирный», вторая из шлюпов «Открытие» и «Благонамеренный».
В отношении однотипного с «Востоком» шлюпа «Камчатка» В. М. Головнин пишет:[9] «Морское ведомство определило нарочно построить для предназначенного путешествия военное судно по фрегатскому расположению, с некоторыми только переменами, кои были необходимы по роду службы, судну сему предстоящей»; в другом месте он говорит, что «величиною сей шлюп равнялся посредственному фрегату».