Со времени создания Анафема значительно расширила свои функции. Начав с выявления авторитарных, мошеннических сект и внутренних расследований в самой Русской Православной Церкви (греховное обогащение, растление малолетних, младостарчество, ересь), сегодня новая спецслужба переняла от МВД и многие светские дела. Тем более что государство призналось в собственной беспомощности: еще в начале марта 2003 года Минздрав подписал с РПЦ соглашение о пропаганде здорового образа жизни и совместной борьбе против наркомании, пьянства и детской проституции. После бурных и не всегда корректных дискуссий в Думе и на страницах прессы последовала череда законодательных актов, облекавших Анафему достаточными полномочиями. У новой спецслужбы сразу прибавилось дел – торговля наркотиками, малолетняя проституция, «экспорт» доноров и органов за рубеж. Схема контроллерской деятельности Анафемы, возможно, далека от идеалов законности, однако она чрезвычайно эффективна и пока приносит положительные результаты. Подозреваемые задерживаются контроллерами Анафемы в контакте с силовыми подразделениями МВД или собственными силами. Потом преступников вместе с материалами дела передают государственному правосудию, но дальнейшее следствие и судебный процесс проводятся уже под пристальным вниманием Анафемы. На сегодняшний день наркодельцам, торговцам «падалью» и молодыми телами уже не так просто отделаться условными или смехотворно короткими сроками, подкупив суд.
Успешные расследования по делам секты «Обращенных», «Внутреннего круга друзей Кедра-Прародителя», религиозного движения «Новый Исход», Общества помощи женщинам, пострадавшим от домашнего насилия, под личиной которого скрывалась деспотичная лесбийская секта «Сестринство Вечной Любви», пресечение организованной деятельности сатанистов в крупных городах создало контроллерам Анафемы славу неподкупных борцов с преступлениями против личности и духовной свободы граждан. Средства массовой информации (в основном либерального толка) пытались объяснить успехи Спецгоскомитета борьбой за религиозное доминирование в стране. Самой нашумевшей в этом плане стала статья «Анафема. Гроза преступности или оружие самозащиты православия?» известного скандалиста из «Свободной газеты», пишущего под псевдонимом «Правдорубец». Однако многочисленные и, что самое главное, – успешные – акции Анафемы заставили рукоплескать даже самых прожженных скептиков.