В 1909-м вышла первая его монография «Идея личности как основа мировоззрения». М. Рубинштейн читает лекции на Высших женских курсах В. А. Полторацкой, сотрудничает с журналами «Вопросы философии и психологии», «Русская мысль» и «Вестник воспитания». В 1910-м занимает должность декана педагогического факультета Московских высших женских педагогических курсов Д. И. Тихомирова, одновременно преподавая на многочисленных курсах повышения квалификации. В 1912-м начинает преподавательскую деятельность при кафедре философии Императорского Московского университета. Здесь помогла его формальная принадлежность к лютеранству, поскольку еврей, исповедующий иудаизм, преподавать в университетах права не имел. (Так же и в случае С. Франка устройство на работу в Санкт-Петербургский университет было возможно лишь благодаря его переходу в православную конфессию.) М. Рубинштейн становится все более известен, как один из ведущих исследователей в области проблем педагогики, в 1913-м выходит его монография «Очерк педагогической психологии в связи с общей педагогикой».
М. Рубинштейн отличался не только широтой научных интересов, но и организаторскими способностями. Являясь членом Московского психологического общества, возглавляемого Л. Лопатиным, он занимался организацией съездов и конференций, стоял у истоков студенческого научно-педагогического кружка при Императорском университете, вел неустанную просветительскую работу, участвуя в заседаниях Московского общества грамотности, Кружка по дошкольному воспитанию при Московском городском народном университете им. А. Л. Шанявского. Кроме того, пытался наладить издание серии «Великие педагоги», привлекая к сотрудничеству таких неординарных мыслителей и педагогов, как Г. Шпет и П. Блонский.
Конечно, М. Рубинштейн особенно болезненно воспринимал начало войны со страной, где проходило его становление как философа. Стремясь предельно отчетливо выразить свою гражданскую позицию, он не мог оставаться в стороне от полемики по поводу духовных истоков войны. Его точка зрения особенно ярко выражена в статье «Виноват ли Кант?». Прежде всего это был ответ на изобретенные В. Эрном и адресованные Канту упреки в апологии субъективизма, который будто бы обосновывает допустимость любого произвола во всех жизненных сферах