Еще находящаяся в замешательстве после отступления конницы спартанская фаланга начала движение, загибая свой правый фланг так, чтобы охватить более короткий боевой порядок фиванцев. В этот момент фиванская ударная колонна врезалась в спартанский боевой порядок и прорвала его, «как триера своим тараном». Угроза окружения фиванцев была предотвращена стремительной атакой «Священного отряда» во главе с Пелопидом, столкнувшимся лицом к лицу с царем Клеомбротом и его дружиной, которая попыталась ударить во фланг «эмбалона». Лакедемоняне одни приняли удар беотийцев, перевес в воинах был целиком на стороне фиванцев, так как союзники Спарты еще не вступили в бой. В ожесточенном бою Клеомброт был смертельно ранен, кроме того, много спартанцев пало, защищая царя. Спартанцы сумели оттеснить фиванцев и забрать своего еще живого предводителя. Но, один раз нарушенная, целостность спартанской фаланги уже не могла быть восстановлена, и фиванцы, развернувшись вправо, нанесли фланговый удар по центру и левому флангу противника. Спартанцы в беспорядке побежали, и поле боя осталось за Фивами. Потери Спарты составили более тысячи человек.
Победа Эпаминонда при Левктрах произвела ошеломляющее впечатление на всю Грецию. Никогда до сих пор спартанцы не проигрывали сражения уступавшему им по численности противнику Но Фивы одержали не просто победу Эпаминонд первым открыл великий тактический принцип, который вплоть до наших дней определяет исход почти всех решающих сражений: неравномерное распределение войск по фронту в целях сосредоточения сил для главного удара на решающем участке.
Битва при Левктрах означала закат длившейся много столетий гегемонии Спарты в Элладе. Вызов этой гегемонии бросали и прежде – это делали Афины, но только на море, и конечным итогом Пелопоннесской войны стало превращение Спарты в абсолютного гегемона Греции. Теперь же спартанцы впервые потерпели неудачу на суше. Поскольку большинство из погибших вместе с царем Клеомбротом спартанцев являлись полноправными гражданами полиса, к тому же принадлежавшими к знатным родам, битва при Левктрах нанесла Спарте серьезный демографический удар. Дальнейший ход Беотийской войны привел к распаду Пелопоннесского союза и утрате Спартой плодородных земель Мессении. Ведущие эллинские полисы были втянуты в изнурительную войну за гегемонию в Элладе – войну, которая закончилась победой новой действующей силы – Македонии.