Однако, не дождавшись Сагайдачного, казаки под начальством Бородавки выступили на войну. Головорезов-авантюристов не занимали духовные проблемы и задачи восстановления церковной иерархии. Перспектива большого военного похода под флагом короля привлекала их гораздо больше. Это, безусловно, ослабило позицию Сагайдачного в переговорах с Сигизмундом. Не теряя времени, он сам выехал к войску.
Султан Осман II угрожал разграбить Краков, древнюю столицу польских королей, уничтожить католическую веру и растоптать конскими копытами их святых. Огромная армия султана состояла из ста пятидесяти тысяч турок (с учетом всех слуг эта цифра удваивалась) и нескольких десятков тысяч татар. Поляки смогли противопоставить этому только тридцать пять тысяч человек, поэтому участие казаков становилось решающим.
Официально возглавлял Хотинский поход королевич Владислав, которого казаки уже однажды спасли под Москвой. Его помощником был новый коронный гетман Карл Ходкевич, сменивший Жолкевского. Двадцать второго июля поляки перешли Днестр и расположились недалеко от Хотина. С Бородавкой пришло более сорока тысяч казаков (сорок одна тысяча пятьсот двадцать человек согласно сохранившемуся реестру). Артиллерия состояла из двадцати двух орудий.
Когда Сагайдачный прибыл в польский лагерь, он обнаружил, что казаков там еще нет. Поляки встретили его с радостью, наградили подарками и отправили с двумя отрядами навстречу казакам. По дороге в табор Сагайдачный ошибочно принял турецкий лагерь за запорожский. С простреленной рукой, потеряв много крови, он чудом ушел от погони, укрылся в ближайшем лесу и уже ночью добрался до казацкого стана.
Его прибытие сразу изменило расстановку сил. Сообщение о переговорах с королем, о полученных обещаниях сильно ослабили позицию Бородавки, против которого и без того росло недовольство.
В конечном счете 8 сентября Бородавка был арестован, а затем по приказу Сагайдачного казнен. Так Сагайдачный снова стал гетманом. Заметим, что этот эпизод неоднозначно трактуется историками. Все современники высказывались о Бородавке как о беззастенчивом авантюристе, стремившемся только к грабежам и добыче. Тем не менее сам Сагайдачный, хотя и прославился своими крутыми мерами по отношению к нарушителям дисциплины, видимо, переживал казнь Бородавки. Об этом свидетельствует тот факт, что, умирая, он оставил в своем завещании распоряжение о поминальных службах по Бородавке