В 1946 году он стал заместителем начальника разведки. Но начальником его так и не сделали. Сначала помешало очевидное благоволение к Короткову Лаврентия Павловича Берии, которого в пятьдесят третьем расстреляли. Когда руководителем разведки стал генерал Сахаровский, стали говорить, что он недолюбливает своего заместителя генерала Александра Короткова, потому и отправил его руководить представительством в ГДР. Возможно, Сахаровский чувствовал в нем конкурента.
Председателю КГБ Шелепину Коротков, любимец Ивана Серова, тоже не очень понравился. В конце июня 1961 года Александра Короткова вызвали в Москву. 27 июня после не очень приятной беседы с Шелепиным Коротков позвонил Серову. Они пошли играть в теннис на динамовском стадионе на Петровке. Прямо на стадионе Короткову стало плохо, и он умер от сердечного приступа. По странному стечению обстоятельств он закончил свою жизнь там, где когда-то началась его карьера. На этом самом стадионе на юного Короткова обратил внимание увлекавшийся спортом секретарь Дзержинского Вениамин Герсон. Он устроил Короткова в госбезопасность наладчиком лифтов. Потом перспективного молодого человека взяли в иностранный отдел…
На похороны Короткова, свидетельствует бывший сотрудник представительства КГБ в Берлине полковник Иван Николаевич Кузьмин, прилетела вся коллегия Министерства госбезопасности ГДР во главе с министром Эрихом Мильке. Его заместитель по разведке Маркус Вольф произнес прощальную речь.
После ареста Берии кадровая чехарда в разведке прекратилась. 18 июля 1953 года начальником второго главного управления назначили Александра Семеновича Панюшкина. Накануне его утвердили членом коллегии Министерства внутренних дел.
Александр Семенович Панюшкин родился 14 августа 1905 года в Самаре в семье рабочего. Работать начал в пятнадцать лет курьером амбулатории Заволжского окружного военно-санитарного управления в Самаре. Будущий генерал окончил кавалерийские курсы и был трубачом 4-го отдельного дивизиона ГПУ.
В 1927 году Панюшкина призвали в армию, послали в трехлетнюю Борисоглебско-Ленинградскую кавалерийскую школу, после окончания определили в пограничные войска. Служил на Дальнем Востоке, начинал помощником начальника Приморского кавалерийского погранотряда.
В мае 1935 года Панюшкина зачислили в Военную академию РККА имени М.В. Фрунзе. В августе 1938 года, после окончания академии, он был внезапно распределен в НКВД – помощником начальника отделения 5-го (разведывательного) отдела главного управления госбезопасности. Кстати говоря, через полгода точно так же взяли в НКВД другого выпускника академии майора Ивана Александровича Серова, который в 1954 году стал председателем КГБ и начальником Панюшкина. Это Берия набирал в органы людей со стороны – молодых армейских офицеров.