После подавления эсеровского мятежа было проведено следствие, в связи с чем Дзержинский временно сложил с себя полномочия председателя ВЧК, которые вернул себе в августе.
Эти два месяца обязанности председателя исполнял Ян Христофорович Петерс, сидевший в тюрьме во время царизма. Впоследствии он был представителем ВЧК в Туркестане, в 1930 году из ОГПУ перешел на партийную работу, в 1938-м его расстреляли. В циркуляре № 47, подписанном Яном Петерсом, говорилось, что ВЧК «в своей деятельности совершенно самостоятельна, производя обыски, аресты, расстрелы, давая после отчет Совнаркому и ВЦИК».
По указанию Ленина 10 июля допросили и самого Дзержинского: он тоже был под подозрением, поскольку в мятеже участвовали его подчиненные. И кроме того, как мог он проморгать, что на его глазах готовится убийство немецкого посла и зреет заговор? Дзержинский рассказал на допросе:
«Приблизительно в половине июня мною были получены сведения, исходящие из германского посольства, подтверждающие слухи о готовящемся покушении на жизнь членов германского посольства и о заговоре против Советской власти.
Членами германского посольства был дан список адресов, где должны были быть обнаружены преступные воззвания и сами заговорщики. Это дело мною было передано для расследования товарищам Петерсу и Лацису. Предпринятые комиссией обыски ничего не обнаружили. В конце июня мне был передан новый материал о готовящихся заговорах… Я пришел к убеждению, что кто-то шантажирует нас и германское посольство».
Подпись Дзержинского на мандате, который Блюмкин предъявил в посольстве, была поддельной, а печать подлинной. Дзержинский объяснил: «Александрович был введен в комиссию в декабре месяце прошлого года по категорическому требованию эсеров. У него хранилась большая печать, которая была приложена к подложному удостоверению от моего якобы имени, при помощи которого Блюмкин и Андреев совершили убийство. Блюмкин был принят в комиссию по рекомендации ЦК левых эсеров».
О своих действиях в день мятежа Дзержинский рассказал следующее:
«Сведения об убийстве графа Мирбаха я получил 6 июля, около трех часов дня от Председателя Совета Народных Комиссаров по прямому проводу. Сейчас же поехал в посольство с отрядом, следователями и комиссаром для организации поимки убийц.