Новая государственная организация Главрыба в 1922 году организовала экспедицию на Азовское море, в котором к 1913 году по сравнению с 1893 годом уловы уменьшились более чем в три раза и продолжали падать. Руководство экспедицией принял Н.М. Книпович. Обещанного парохода экспедиция не получила, так что пришлось зафрахтовать парусно-моторную шхуну и оборудовать лабораторию (она же – каюта с двухъярусными нарами) в сыром и мокром трюме. В Таганрогском заливе шхуна чуть было не потерпела бедствие, но вовремя была отбуксирована в Ростов-на-Дону. Для продолжения экспедиции приобрели парусно-моторный бот, но из-за его небольшого размера пришлось ограничить район плавания. Только после личной встречи Н.М. Книповича с В.И. Ульяновым (Лениным) Малый Совнарком РСФСР выделил для экспедиции пароход «Бесстрашный», который после ремонта и укомплектования приборами норвежского производства вышел 10 июля 1923 года из Севастополя в Керчь и совершил два рейса в Азовское море, а затем – большой рейс в Черном. В конце 1923 года и начале 1924-го «Бесстрашный» продолжил свои плавания. Н.М. Книпович тщательно записывал уловы, определял границу бентосной жизни, а микробиолог Б.Л. Исаченко детально зондировал границу сероводорода. За два года «Бесстрашный» совершил 25 рейсов и выполнил более 430 станций, после чего его сменил колесный пароход «Сухум», а в 1926 году работы продолжили на отремонтированной шхуне. Н.М. Книпович опубликовал в Керчи предварительный отчет, в 1938 году вышла его книга «Гидрология морей и солоноватых вод (в применении к промысловому делу)», и это был венец его научной деятельности.
В 1927 году Н.М. Книпович выехал за границу, встречался с многими коллегами, в том числе в Норвегии с девяностолетним Георгом Оссианом Сарсом, который продолжал работать в своей лаборатории с регулярностью часового механизма, но почти потерял слух. Он дожил до ста лет! Летом 1927 года совершает на шхуне плавание по Азовскому и Черному морям, берет десяток тралов. В 1928 году Мурманская биологическая станция получает норвежский деревянный моторно-парусный бот водоизмещением 100 тонн, длиной 25 метров, с двигателем мощностью 125 лошадиных сил, он получает имя «Николай Книпович». На нем Н.Н. Зубов организует и блестяще проводит две арктические экспедиции в высоких широтах Баренцева моря, о которых пишет небольшие книжки: «20 дней в ледовом море» (1932) и «Вокруг Земли Франца-Иосифа» (1933). В 1935 году исполнилось 50 лет научной деятельности Н.М. Книповича, его избрали почетным академиком, Полярному научно-исследовательскому институту морского рыбного хозяйства и океанографии присвоили его имя, он совершил небольшое плавание на судне, названном его именем, два года назад по его инициативе был создан Всесоюзный институт рыбного хозяйства. В 1939 году его не стало.