Особой заботой А.П. Богданова было развитие российских биологических станций. В речи на Международном зоологическом конгрессе в 1892 г. А.П. Богданов произнес такие слова: «Между научными проблемами, весьма серьезными и важными, разрешение которых обеспечило бы нормальное развитие зоологии и дальнейшие успехи русских зоологов, первое место занимает вопрос о морских и речных станциях, их умножении и развитии». По инициативе А.П. Богданова один из его ближайших учеников Н.Ю. Зограф организовал в 1891 г. небольшую гидробиологическую станцию на Глубоком озере на западе Подмосковья. Впоследствии на ней работали многие выдающиеся зоологи и гидробиологи. Биостанция на Глубоком озере существует до сих пор – это одна из старейших биологических станций России. В настоящее время она принадлежит Институту проблем экологии и эволюции им. А.Н. Северцова Российской академии наук, но почти весь штат лаборатории, которая работает на станции, состоит из выпускников кафедры зоологии беспозвоночных.
Понимая важность развития морских исследований для российской науки, А.П. Богданов вместе с А.О. Ковалевским приложили много усилий для создания Севастопольской биологической станции. Эти два выдающихся зоолога тепло относились друг к другу. Известно, например, что А.П. Богданов приложил много усилий для перехода на работу в Московский университет брата А.О. Ковалевского – выдающегося палеонтолога и эволюциониста В.О. Ковалевского, жизнь которого, к сожалению, вскоре трагически оборвалась. А.П. Богданов и А.О. Ковалевский активно сотрудничали в сложных проблемах, возникавших в связи с созданием Севастопольской биологической станции (ныне – Институт биологии южных морей Национальной академии наук Украины).
Одному из них тяжелые нервные нагрузки, неизбежные при переговорах с чиновниками по поводу биостанции, стоили жизни. Как известно, выдающийся российский биолог А.О. Ковалевский умер в расцвете сил на 61-м году жизни от удара, полученного в приемной заместителя министра просвещения, куда он пришел для решения очередного насущного вопроса жизни Севастопольской биологической станции.
Организация зоологических и антропологических конгрессов, издание их трудов, организация выставок и другая общественная деятельность проводилась А.П. Богдановым в значительной степени на его личные средства. Он израсходовал на это многие тысячи, полученные им в наследство от княгини Г.Н. Кейкуатовой, тратил все свое отнюдь не большое профессорское жалованье, постоянно был в долгах перед издателями и книгопродавцами.