Многолетние исследования проводились М.Х. Чайлахяном в научно-исследовательских учреждениях Армении. В Институте микробиологии Академии наук Армянской ССР он совместно с сотрудниками лаборатории азотфиксирующих микроорганизмов исследовал значение фитогормонов в симбиотических взаимоотношениях бобовых растений и клубеньковых бактерий, а в Институте виноградарства, виноделия и плодоводства Министерства сельского хозяйства Армянской ССР совместно с сотрудниками отдела физиологии и биохимии растений выяснял роль регуляторов роста – фитогормонов и ингибиторов – в процессах размножения, роста и плодоношения виноградной лозы и плодовых культур.
М.Х. Чайлахян с сотрудниками опубликовали более 10 инструкций и практических рекомендаций по использованию регуляторов роста и развития на различных видах и сортах сельскохозяйственных культур. В итоговой монографии 1988 г. (Чайлахян, 1988) специальная глава посвящена рассмотрению путей применения фитогормонов и регуляторов роста растений в практике растениеводства.
М.Х. Чайлахян, являясь одним из виднейших отечественных ученых, был известен своей высокой принципиальностью и активной борьбой за чистоту и незапятнанность науки против попыток ее вульгаризации и искажений. В 1930-50-е годы он был известен в научных кругах как стойкий и последовательный борец с лженаучным «учением» Т.Д. Лысенко и его сторонников. За это М.Х. Чайлахяна дважды снимали с должности заведующего лабораторией роста и развития: в 1939 г. в связи с публикацией книги «Гормональная теория развития растений» и в 1948 г. после печально известной сессии ВАСХНИЛ. Снятие с должности заведующего лабораторией сопровождалось исключением его из состава членов Ученого совета института и лишением прав на руководство аспирантами, консультацию докторантов, участие в международных конференциях и командировках. Однако и в это трудное время М.Х. Чайлахян оставался верен научной истине и продолжал отстаивать свои представления об онтогенезе и его гормональной регуляции. Его большая лекция на съезде Ботанического общества (1958 г.), а затем брошюра «Основные закономерности онтогенеза высших растений» (Чайлахян, 19586) способствовали восстановлению научной биологии растений после засилья лысенковщины. Этим же целям послужили две публикации, систематизирующие терминологию роста и развития растений (Чайлахян и др., 1973, 1982).