К концу XIX века стремление проживавших в Баку католиков (около 2000 человек, большинство – французские и германские подданные) построить свою церковь наталкивалось на постоянное противодействие царских властей. Вероятно власти уже усматривали в Католичестве непосредственную угрозу Православному Христианству, так как возведение величественной лютеранской кирхи, построенной А. Эйхлером в 1895—1897гг. в лучших традициях немецкой готики, не вызвало столь решительного противодействия.
Триумфом вновь возрожденной и весьма малочисленной католической общины независимого Азербайджана стал приезд в Баку папы Иоанна Павла II в 2002 году (совсем недавно – в октябре 2016 года Баку посетил папа Римский – Франциск).
Завоевание Азербайджана Российской империей в начале XIX века привело к переселению в регион представителей народов, исповедующих Православное Христианство (см. 7). После заключения Гюлистанского договора (1813 г.) в регионе начинается рост числа христиан за счет военных, чиновников, их семей и переселяемых из центральных районов Российской империи сектантов. Сосланные из центральных регионов России в Закавказье, первые христианские сектанты начинают оседать в Азербайджане в начале 30-х годов XIX века. До 1868 г. в Бакинской губернии христианские переселенцы-сектанты основали 21 село, в Елизаветпольской губернии было основано 7 сел русских переселенцев. В XIX веке на территории Азербайджана было 27 сел христианских сектантов и одно село раскольников. Христианские секты были представлены молоканами, субботниками, раскольниками, скопцами, баптистами, адвентистами, прыгунами и др. К 1904 году в Шемахе и уездных селах жило свыше 14 тысяч христианских сектантов, из них 12600 человек составляли молокане.
В 1815 году в Баку открывается первая русская православная церковь «Святого Николая», священником которой стал присланный из Тбилиси Давид Иванов. Во второй половине XIX века в Баку началось возведение новых христианских храмов: костел немецких католиков, костел поляков, армянская церковь «Святого Григория» и др. Самой большой церковью Закавказья XIX века стал построенный в Баку храм «Александра Невского», называемый «Золотой Церковью» (разрушен в годы советской власти).
К 1904 году в Бакинской губернии действовало 28 церковно-приходских школ, в которых обучалось около 2 тысяч учеников. Только в Елизаветпольской губернии в 1908 году было 662 церкви, костелов, кирх, синагог, 101 молебенный дом различных сект и четыре монастыря. До советизации русская православная церковь Азербайджана подчинялась экзархату Грузии, назначавшему благочинных.