Как мы уже говорили раньше, основным местом работы В. Е. Соколова в последние годы стал Президиум РАН. Его деятельность в Отделении общей биологии началась задолго до его выбора академиком-секретарем в 1985 г… Собственно эта многогранная деятельность в академических структурах во многом способствовала признанию В. Е. Соколова лидером Отделения в середине 80-х. Тогда Отделение объединяло 7 академиков и 25 членов-корреспондентов. Сейчас в Отделении работают 21 академик и 32 члена-корреспондента. Несмотря на значительные научные потери, вызванные социальными потрясениями последнего десятилетия, Отделение насчитывает 12 институтов (некоторые из которых созданы при участии Владимира Евгеньевича), работу еще 30 институтов Отделение курирует. Отделение является учредителем 17 журналов РАН. Среди 12 Научных советов Владимир Евгеньевич возглавлял Совет по проблемам изучения, охраны и рационального использования животного мира, а также Совет по изучению и охране культурного и природного наследия при Президиуме РАН (совместно с академиком Е. П. Челышевым).
Нельзя обойти вниманием работу академика В. Е. Соколова в Жилищной комиссии Академии. Благодаря его заботе и вниманию многие сотрудники смогли улучшить свои жилищные условия. Много лет он возглавлял также академическую комиссию, курирующую Дом-пансионат ветеранов науки.
Со времени основания Владимир Евгеньевич был бессменным Президентом Териологического общества. Хорошо понимая важность интеграции научных усилий, В. Е. Соколов способствовал не только поддержанию традиционных научных обществ, но и организации новых объединений ученых-естествоиспытателей. Много лет возглавляя Российский комитет по программе ЮНЕСКО «Человек и биосфера», Национальный комитет биологов России, Владимир Евгеньевич добивался укрепления престижа и авторитета отечественной науки на международной арене.
Занимая ряд постов в международных организациях (подробнее см. Приложение в конце книги), Владимир Евгеньевич оставался истинным патриотом, горячим пропагандистом мирного сотрудничества государств, глубоко веря в силу науки и просвещения. Выдающиеся заслуги Владимира Евгеньевича получили признание и в нашей стране, и за рубежом. Он дважды удостаивался Государственной премии, награждался отечественными и зарубежными орденами и медалями, становился лауреатом именных научных премий и медалей, учрежденных в честь выдающихся ученых и общественных деятелей (Северцова, Павловского, Мечникова, Пуркинье, Карпинского, Демидова). В. Е. Соколов был избран иностранным членом ряда зарубежных академий и научных обществ.