Вместе с тем Россия не скрывала своей отрицательной позиции в отношении различных проявлений предвзятости или «двойных стандартов» со стороны Совета Европы. В частности, в связи с бомбардировками Югославии НАТО организация заняла позицию, по существу, оправдывавшую эту противоправную акцию Альянса. Парламентская ассамблея Совета проявила явную необъективность при оценке действий России в Чечне и в то же время спокойно взирала на явные нарушения прав человека и национальных меньшинств в Латвии и Эстонии.
Российская дипломатия постоянно подчеркивала, что если Совет Европы хочет быть верен традициям европейского гуманизма, провозглашающего человека мерой всей системы ценностей, то ему надлежит уделить особое внимание более эффективному мониторингу соблюдения прав человека, включая права тысяч людей без гражданства в государствах Балтии. В частности, Совет Европы мог бы энергичнее использовать все свои механизмы, в том числе Европейскую комиссию по борьбе с расизмом и нетерпимостью и учрежденный на будапештской сессии институт Комиссара по правам человека, для воздействия на государства Балтии с тем, чтобы положение русскоязычного населения в этих странах полностью соответствовало общепризнанным европейским нормам.
В Москве исходили из того, что после окончания холодной войны, в процессе укрепления безопасности и развития сотрудничества в Европе будет возрастать роль Европейского союза. Исходя из этого, всестороннее сотрудничество с ЕС было вынесено в качестве одного из приоритетов внешней политики России. Была поставлена задача поднять уровень этого сотрудничества до стратегического партнерства. В Москве рассматривали Евросоюз в качестве одного из важнейших партнеров как в области политического диалога, так и в развитии торгово-экономического и инвестиционного сотрудничества.
Президент России В. Путин в своем послании Федеральному Собранию Российской Федерации в 2001 г. особо отметил возрастающее значение наших усилий по налаживанию партнерства с Европейским союзом, подчеркнув, что «курс на интеграцию с Европой становится одним из ключевых направлений российской внешней политики».
Положительный импульс связям со странами-членами Евросоюза придало Соглашение о партнерстве и сотрудничестве между Россией и Европейским союзом, которое вступило в силу в декабре 1997 г.