Вообще таксономия, как и всякое достаточно общее понятие, весьма многозначно, фигурирует в самых разных системах знания, где её обычно связывают с представлением тех или иных форм разнообразия в виде иерархических классификаций. В таком качестве – как общая категоризация понятий – таксономия присутствует в учении об онтологии, в семиотике (Gray, 1978; Губин, 1998; Кронгауз, 2001). Для наших целей полезно различать две таксономии, обозначенные Уилкинзом как «универсальная» и «биологическая» (Wilkins, 1998, 2003, 2010). Универсальная таксономия (не в смысле Blackwelder, Boyden, 1952, см. 5.2.2; не в смысле Но, 1988; см. 5.5.1.2; приблизительно то же, что классиология, см. 5.5.2.3) занимается всеобщими формальными принципами разработки классификаций, может считаться разделом логики. Биологическая таксономия – частная предметная таксономия, теоретический раздел биологической систематики, её задача – разработка теоретических и методологических принципов этой дисциплины (Вайнштейн, 1981; Симпсон, 2006), прежде всего – разработка общих и частных вопросов её онтологических и эпистемологических оснований. Л. Вэн Вэйлен называет общетеоретический раздел систематики метатаксономией (Van Valen, 1973).
Основная задача (мета)таксономии – формирование так называемой таксономической парадигмы. Под последней можно понимать совокупность утверждений самого общего порядка о предмете, задачах и принципах таксономических исследований в биологии. Среди обсуждаемых (мета)таксономией проблем – структура познавательной ситуации, в которой действует систематика (см. 6.1.1), онтологический статус объекта её исследования (объективный или субъективный характер групп организмов и их иерархии), гносеологический статус классификации («нарратив», закон или гипотеза), основные схемы аргументации (дедуктивная, индуктивная, гипотетико-дедуктивная и т. п.), соотношение между формально-логическими и содержательными основаниями классифицирования в биологии.
Очевидно, что на разных этапах развития систематики задачи, решаемые таксономией, в той или иной степени меняются. Векторы этих изменений задаются на уровне как онтологии (например, разработка эволюционной доктрины в XIX веке), так и эпистемологии (например, переход от позитивизма к постпозитивизму в XX веке). Изменения взглядов на природу и принципы научного познания могут затрагивать самые разные сферы таксономии – от рассмотрения логических оснований классифицирования (например, соотношение между разными логиками, см. 3.2) до методологического обеспечения конкретных классификационных техник (например, состоятельность методов численной систематики, см. 5.3).